More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4110 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  100 
 
 
411 aa  808    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  61.9 
 
 
432 aa  477  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  57.07 
 
 
403 aa  441  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  46.51 
 
 
422 aa  340  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.47 
 
 
447 aa  292  7e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.59 
 
 
475 aa  276  4e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  43.15 
 
 
442 aa  247  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.92 
 
 
413 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.7 
 
 
703 aa  218  2e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.97 
 
 
409 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.74 
 
 
710 aa  212  9e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  34.59 
 
 
425 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.36 
 
 
750 aa  203  4e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 
454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 
429 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  43.72 
 
 
402 aa  189  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.91 
 
 
407 aa  188  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.08 
 
 
419 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.08 
 
 
419 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.62 
 
 
385 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  34.57 
 
 
447 aa  160  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.34 
 
 
475 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  35.9 
 
 
485 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  36.79 
 
 
410 aa  144  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  35.38 
 
 
443 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  39 
 
 
375 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  37.27 
 
 
456 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  38.3 
 
 
352 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  42.92 
 
 
362 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
453 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.61 
 
 
378 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  37.38 
 
 
372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 
606 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 
378 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  36.62 
 
 
382 aa  126  5e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 
610 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 
633 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
392 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.54 
 
 
753 aa  124  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 
475 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 
883 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.14 
 
 
797 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 
244 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.2 
 
 
357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.76 
 
 
601 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.92 
 
 
627 aa  119  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.76 
 
 
582 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.07 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.09 
 
 
773 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.23 
 
 
596 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  30.37 
 
 
442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 
685 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 
613 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
736 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
632 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.75 
 
 
535 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
616 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
584 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.84 
 
 
878 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  35.38 
 
 
250 aa  110  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.07 
 
 
592 aa  110  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
676 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
515 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
437 aa  109  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  31.65 
 
 
590 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  30.43 
 
 
590 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
616 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 
766 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
378 aa  107  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
598 aa  106  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
612 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
590 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
612 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.19 
 
 
840 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.58 
 
 
637 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.944283  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
786 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
611 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
605 aa  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.24 
 
 
409 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  29.79 
 
 
351 aa  104  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.5 
 
 
612 aa  104  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
526 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 
256 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.8 
 
 
599 aa  103  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  24.22 
 
 
433 aa  102  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.92 
 
 
893 aa  103  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
613 aa  102  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.53 
 
 
1301 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.04 
 
 
743 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.03 
 
 
536 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.43 
 
 
764 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.423173 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  29.49 
 
 
252 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  25.61 
 
 
814 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
637 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.97 
 
 
584 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.5 
 
 
846 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.09 
 
 
633 aa  101  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>