More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4614 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
378 aa  723    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  43.03 
 
 
456 aa  261  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  43.51 
 
 
378 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  47.09 
 
 
362 aa  246  6e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  44.62 
 
 
453 aa  242  9e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  44.66 
 
 
443 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  40.48 
 
 
382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  38.66 
 
 
366 aa  197  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  34.43 
 
 
392 aa  179  7e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.53 
 
 
409 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  46.58 
 
 
378 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.87 
 
 
402 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  44.3 
 
 
244 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  43.39 
 
 
385 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 
429 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  36.63 
 
 
485 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.24 
 
 
413 aa  146  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  37.23 
 
 
454 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
475 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.7 
 
 
753 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  35.75 
 
 
403 aa  139  8.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
432 aa  139  8.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.66 
 
 
407 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.6 
 
 
710 aa  137  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.82 
 
 
703 aa  135  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  37.16 
 
 
425 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.12 
 
 
422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  37.12 
 
 
352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.81 
 
 
411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 
797 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
786 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
375 aa  126  8.000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.55 
 
 
750 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  36.25 
 
 
372 aa  124  3e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.67 
 
 
883 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
766 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.39 
 
 
447 aa  123  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
580 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.77 
 
 
773 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.43 
 
 
475 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.18 
 
 
590 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
572 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
606 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.64 
 
 
419 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
585 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.18 
 
 
584 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.49 
 
 
419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
585 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
590 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
585 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
583 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
585 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.34 
 
 
584 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.03 
 
 
583 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 
584 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.47 
 
 
284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.12 
 
 
827 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0051075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 
581 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
431 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 
653 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 
584 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.12 
 
 
601 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
523 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.178264  normal  0.217843 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 
340 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  35.71 
 
 
390 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.76 
 
 
351 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
598 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
605 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.14 
 
 
390 aa  107  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.39 
 
 
582 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2927  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
547 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.88405  normal  0.302817 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 
543 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0218  sensory box protein  34.27 
 
 
631 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206215  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
653 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 
616 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.51 
 
 
590 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
838 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
616 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
632 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.64 
 
 
357 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.1 
 
 
306 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 
592 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.64 
 
 
379 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
631 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 
248 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1119  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
868 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135201  normal  0.145859 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  28.21 
 
 
253 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  32.2 
 
 
250 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
523 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  30.57 
 
 
255 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
685 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32 
 
 
409 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.87 
 
 
631 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.992209 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.89 
 
 
475 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
526 aa  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
536 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
541 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>