More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2030 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.86 
 
 
627 aa  688    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.37 
 
 
610 aa  713    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
598 aa  1222    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.97 
 
 
633 aa  706    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.73 
 
 
637 aa  711    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.53 
 
 
616 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.8 
 
 
613 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.65 
 
 
616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
612 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
612 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.03 
 
 
594 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.03 
 
 
594 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.52 
 
 
613 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.21 
 
 
612 aa  491  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.68 
 
 
615 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.5 
 
 
613 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.5 
 
 
613 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 
587 aa  472  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 
610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
676 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.22 
 
 
611 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
606 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.38 
 
 
596 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.51 
 
 
592 aa  354  2.9999999999999997e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
632 aa  347  5e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.77 
 
 
601 aa  347  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
581 aa  346  8e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.12 
 
 
582 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.78 
 
 
590 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.44 
 
 
590 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 
590 aa  335  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
584 aa  334  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
585 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.22 
 
 
585 aa  323  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.67 
 
 
585 aa  323  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.87 
 
 
584 aa  317  4e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.87 
 
 
584 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.45 
 
 
584 aa  312  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.27 
 
 
585 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 
605 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 
572 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.09 
 
 
583 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
583 aa  308  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.85 
 
 
584 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
599 aa  303  5.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
590 aa  290  8e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.24 
 
 
580 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.01 
 
 
773 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.72 
 
 
753 aa  253  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 
797 aa  249  8e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.52 
 
 
766 aa  247  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 
883 aa  246  9e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 
786 aa  237  4e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  40.71 
 
 
353 aa  229  8e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  28.69 
 
 
603 aa  224  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
633 aa  207  5e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 
599 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.42 
 
 
1036 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.92 
 
 
409 aa  195  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  24.59 
 
 
590 aa  181  4.999999999999999e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.68 
 
 
1023 aa  178  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  55.97 
 
 
245 aa  176  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 
806 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.1 
 
 
594 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  32.81 
 
 
306 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  37.13 
 
 
284 aa  161  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.03 
 
 
379 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.54 
 
 
357 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  47.31 
 
 
446 aa  160  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  36.95 
 
 
254 aa  147  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  46.06 
 
 
436 aa  140  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
475 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 
443 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
318 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 
443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 
552 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 
441 aa  120  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
439 aa  120  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  37.45 
 
 
385 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 
353 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
304 aa  117  7.999999999999999e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  30.71 
 
 
249 aa  116  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.64 
 
 
313 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  32.35 
 
 
257 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  36.9 
 
 
462 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.22 
 
 
454 aa  114  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
373 aa  114  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  30.45 
 
 
254 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  37.36 
 
 
1111 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  30.63 
 
 
259 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
263 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 
340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.08 
 
 
743 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.86 
 
 
734 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.92 
 
 
1131 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>