More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1985 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
485 aa  970    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  47 
 
 
475 aa  337  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  48.59 
 
 
410 aa  332  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  46.44 
 
 
375 aa  230  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  44.07 
 
 
352 aa  211  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  47.86 
 
 
402 aa  203  7e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  42.91 
 
 
454 aa  202  8e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  39.83 
 
 
429 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  45.8 
 
 
385 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.83 
 
 
409 aa  176  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.84 
 
 
710 aa  172  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.66 
 
 
419 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.86 
 
 
419 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  41.8 
 
 
447 aa  170  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.52 
 
 
750 aa  169  7e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.84 
 
 
703 aa  168  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.59 
 
 
447 aa  167  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  39.13 
 
 
432 aa  166  8e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  44.34 
 
 
442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.17 
 
 
407 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  41.07 
 
 
413 aa  164  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 
425 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  41.36 
 
 
366 aa  155  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 
403 aa  147  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
753 aa  142  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  36.78 
 
 
378 aa  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.39 
 
 
422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
883 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.46 
 
 
475 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
786 aa  136  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.76 
 
 
351 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 
581 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
773 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.66 
 
 
584 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.9 
 
 
411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  36.99 
 
 
443 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
616 aa  130  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
580 aa  130  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 
613 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.53 
 
 
590 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 
596 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
723 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
378 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
616 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  34.98 
 
 
456 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.25 
 
 
612 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
453 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.69 
 
 
613 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.69 
 
 
613 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
797 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.69 
 
 
615 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 
583 aa  123  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
475 aa  123  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
1034 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
585 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
585 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
585 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
585 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  28.45 
 
 
433 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
259 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
584 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.94 
 
 
582 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  35.75 
 
 
584 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.91 
 
 
592 aa  121  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 
583 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
590 aa  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.83 
 
 
409 aa  120  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 
379 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
736 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
766 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
611 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  31.03 
 
 
516 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
612 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 
601 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 
584 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 
606 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
357 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
605 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.05 
 
 
613 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.33 
 
 
590 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
610 aa  118  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
340 aa  117  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
584 aa  118  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
633 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.33 
 
 
590 aa  117  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  37.66 
 
 
378 aa  117  6e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  33.02 
 
 
382 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
612 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  35.75 
 
 
244 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.65 
 
 
449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  30.77 
 
 
661 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
594 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
254 aa  115  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
594 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.27 
 
 
699 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4439  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.9 
 
 
657 aa  114  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
362 aa  113  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
627 aa  113  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>