More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1771 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
475 aa  949    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  43.17 
 
 
485 aa  344  2e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  47.58 
 
 
410 aa  328  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  63.18 
 
 
375 aa  283  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  49.43 
 
 
352 aa  248  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  45.53 
 
 
454 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  44.3 
 
 
429 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  45.34 
 
 
402 aa  191  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  46.05 
 
 
447 aa  192  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.74 
 
 
409 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.74 
 
 
419 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  42.67 
 
 
425 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  43.23 
 
 
419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  44.2 
 
 
385 aa  171  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.67 
 
 
703 aa  169  8e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.05 
 
 
710 aa  169  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  39.02 
 
 
413 aa  166  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  45.5 
 
 
407 aa  166  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  40.89 
 
 
403 aa  160  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  40.44 
 
 
432 aa  160  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.37 
 
 
750 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  43.84 
 
 
366 aa  155  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.06 
 
 
447 aa  154  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  42.27 
 
 
442 aa  153  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  40.83 
 
 
453 aa  147  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.27 
 
 
786 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 
456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  41.74 
 
 
443 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.32 
 
 
422 aa  143  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.34 
 
 
411 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
596 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.02 
 
 
379 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  36.82 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
581 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
611 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
613 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
590 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 
357 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 
883 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.65 
 
 
590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
580 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.46 
 
 
475 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.22 
 
 
590 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 
306 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
584 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 
601 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.45 
 
 
584 aa  130  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.06 
 
 
582 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  38.26 
 
 
592 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
773 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  40.28 
 
 
378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
606 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 
616 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 
244 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
583 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
583 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
585 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
585 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
585 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.68 
 
 
616 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
797 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.18 
 
 
584 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
585 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
590 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
584 aa  124  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  37.72 
 
 
378 aa  123  8e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.88 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 
437 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  28.69 
 
 
433 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
584 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
766 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  40.45 
 
 
362 aa  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  38.36 
 
 
378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6273  GGDEF family protein  32.93 
 
 
629 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  30.6 
 
 
284 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
612 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 
615 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.96 
 
 
613 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.96 
 
 
613 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.87 
 
 
572 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.59 
 
 
632 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
515 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.34 
 
 
409 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
612 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
599 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
605 aa  114  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.59 
 
 
819 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0947891  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.39 
 
 
523 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.178264  normal  0.217843 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  33.96 
 
 
382 aa  111  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 
736 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
613 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 
793 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  32.91 
 
 
762 aa  109  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  31.22 
 
 
847 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 
536 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1394  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.86 
 
 
924 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.640211  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
785 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>