More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2103 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  100 
 
 
409 aa  835    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.18 
 
 
580 aa  327  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.5 
 
 
581 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 
584 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  42.26 
 
 
584 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.63 
 
 
590 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.26 
 
 
584 aa  322  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.51 
 
 
583 aa  322  8e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.46 
 
 
572 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.26 
 
 
583 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.77 
 
 
584 aa  319  5e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.77 
 
 
585 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.77 
 
 
585 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.77 
 
 
585 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.01 
 
 
585 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
596 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 
632 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.09 
 
 
592 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  40.69 
 
 
590 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
605 aa  296  4e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  39.55 
 
 
582 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  38.31 
 
 
601 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 
590 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  40.69 
 
 
590 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.81 
 
 
584 aa  278  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
599 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.26 
 
 
611 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 
606 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  41.4 
 
 
306 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  40.19 
 
 
379 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  40.51 
 
 
357 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
773 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 
594 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 
594 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.68 
 
 
753 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
766 aa  222  9e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
786 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 
616 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 
616 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 
615 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  44.87 
 
 
284 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 
612 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
613 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.15 
 
 
612 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 
613 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
637 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 
613 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.15 
 
 
612 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
587 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
610 aa  209  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.66 
 
 
883 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
610 aa  206  7e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
633 aa  206  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  42.31 
 
 
475 aa  200  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 
797 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 
627 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
613 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.92 
 
 
598 aa  195  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 
676 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
437 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.72 
 
 
633 aa  160  3e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 
734 aa  159  7e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  35.22 
 
 
254 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 
599 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.14 
 
 
603 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.69 
 
 
590 aa  146  6e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 
367 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
356 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.34 
 
 
239 aa  143  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.07 
 
 
351 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  33.75 
 
 
362 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.95 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  33.75 
 
 
360 aa  141  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.15 
 
 
806 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  32.62 
 
 
340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  35.54 
 
 
413 aa  137  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.44 
 
 
743 aa  135  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 
431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.9 
 
 
352 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
332 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.84 
 
 
256 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  34.38 
 
 
256 aa  130  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  30.84 
 
 
254 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  31.44 
 
 
257 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 
255 aa  126  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  30.93 
 
 
413 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
253 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  30.07 
 
 
416 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  30.96 
 
 
454 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 
259 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 
266 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  30.34 
 
 
252 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  30.41 
 
 
263 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
253 aa  121  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.78 
 
 
1158 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  29.65 
 
 
260 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  29.68 
 
 
257 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 
485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 
254 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>