More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0137 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  100 
 
 
407 aa  800    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  39.68 
 
 
454 aa  257  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.42 
 
 
750 aa  253  4.0000000000000004e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  36.22 
 
 
429 aa  252  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 
425 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.58 
 
 
419 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.43 
 
 
419 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
413 aa  224  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.41 
 
 
409 aa  222  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.45 
 
 
475 aa  206  5e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.71 
 
 
703 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  42.37 
 
 
402 aa  188  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.91 
 
 
411 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  34.9 
 
 
442 aa  181  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.66 
 
 
447 aa  180  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.96 
 
 
710 aa  178  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 
403 aa  177  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  47.6 
 
 
410 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  45.5 
 
 
475 aa  166  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  44.17 
 
 
485 aa  164  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 
432 aa  157  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
385 aa  157  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  41.41 
 
 
375 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.76 
 
 
422 aa  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 
601 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  41.71 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  38.98 
 
 
582 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  38.62 
 
 
447 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  40.85 
 
 
453 aa  134  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.51 
 
 
590 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
632 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.61 
 
 
590 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
883 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.2 
 
 
596 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.09 
 
 
773 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  42.66 
 
 
378 aa  129  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.55 
 
 
786 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
584 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 
306 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
753 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
766 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.12 
 
 
592 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  41.59 
 
 
372 aa  126  6e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 
379 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.05 
 
 
797 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
357 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  39.11 
 
 
456 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.5 
 
 
567 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  31.87 
 
 
568 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  29.65 
 
 
433 aa  119  7e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  31.87 
 
 
567 aa  119  9e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  31.23 
 
 
800 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  37.85 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.84 
 
 
611 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.65 
 
 
590 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
583 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
581 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
583 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
584 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2927  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 
547 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.88405  normal  0.302817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.25 
 
 
605 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  31.14 
 
 
567 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.76 
 
 
584 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
584 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  30.42 
 
 
567 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
449 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.53 
 
 
919 aa  114  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
655 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0053874 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.76 
 
 
743 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  25.63 
 
 
849 aa  114  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 
585 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
772 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.288371  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
585 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
606 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
585 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
585 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  33.63 
 
 
538 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  32.77 
 
 
544 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02388  hypothetical protein  34.82 
 
 
531 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  0.833158 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0521  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.77 
 
 
685 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.799608 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.01 
 
 
699 aa  110  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.95 
 
 
766 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1913  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.94 
 
 
720 aa  110  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
454 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.617113  normal  0.576496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
572 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 
743 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  29.39 
 
 
528 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  29.39 
 
 
528 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  29.39 
 
 
528 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  29.39 
 
 
528 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
666 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.52 
 
 
590 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.39 
 
 
528 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>