More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1097 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
456 aa  899    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  68.87 
 
 
453 aa  482  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  72.57 
 
 
244 aa  289  7e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  41.56 
 
 
378 aa  238  1e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  48.46 
 
 
378 aa  213  7e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  39.02 
 
 
362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  36.98 
 
 
366 aa  198  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  44.09 
 
 
443 aa  190  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  36.53 
 
 
392 aa  184  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  35.44 
 
 
382 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 
475 aa  147  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.91 
 
 
409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
454 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.61 
 
 
419 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.6 
 
 
419 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  36.24 
 
 
425 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
413 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.94 
 
 
402 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  42.08 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 
403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.86 
 
 
710 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.27 
 
 
411 aa  131  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
429 aa  131  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  38.7 
 
 
432 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
410 aa  130  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.16 
 
 
703 aa  126  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  38.64 
 
 
475 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  34.98 
 
 
485 aa  126  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.65 
 
 
750 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.11 
 
 
407 aa  124  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.5 
 
 
447 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 
883 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.16 
 
 
611 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 
766 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
773 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
447 aa  121  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 
797 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.45 
 
 
592 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.45 
 
 
786 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  37.05 
 
 
375 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.09 
 
 
753 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.51 
 
 
422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
606 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.91 
 
 
254 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 
266 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.59 
 
 
580 aa  113  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.76 
 
 
409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
605 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  37.2 
 
 
442 aa  111  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.19 
 
 
284 aa  111  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 
632 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.82 
 
 
584 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
581 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
584 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
437 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
590 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 
357 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
572 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  32.42 
 
 
255 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
584 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
583 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.51 
 
 
584 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.33 
 
 
584 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  33.2 
 
 
250 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  32.42 
 
 
256 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.62 
 
 
601 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
583 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.9 
 
 
379 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
599 aa  107  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 
585 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
585 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
585 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
585 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.71 
 
 
590 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
253 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.63 
 
 
743 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.55 
 
 
676 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 
616 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.19 
 
 
582 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
610 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  27 
 
 
263 aa  104  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
587 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  30.59 
 
 
260 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.47 
 
 
306 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.84 
 
 
351 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
332 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 
256 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  27.56 
 
 
931 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.29 
 
 
590 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
596 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.1 
 
 
616 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  34.47 
 
 
249 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  30.59 
 
 
260 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.26 
 
 
239 aa  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.08 
 
 
283 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
259 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>