More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_0227 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
429 aa  885    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  41.88 
 
 
454 aa  315  9e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  39.16 
 
 
425 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.67 
 
 
419 aa  298  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.41 
 
 
419 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.02 
 
 
409 aa  293  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 
413 aa  277  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.22 
 
 
407 aa  252  7e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.7 
 
 
703 aa  249  5e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.43 
 
 
750 aa  240  2.9999999999999997e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.51 
 
 
710 aa  237  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.62 
 
 
475 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 
403 aa  205  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.69 
 
 
447 aa  205  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  31.1 
 
 
432 aa  199  7.999999999999999e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 
442 aa  199  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.24 
 
 
402 aa  197  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  44.3 
 
 
475 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.93 
 
 
411 aa  183  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  39.83 
 
 
485 aa  182  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  31.35 
 
 
447 aa  177  4e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  39.37 
 
 
410 aa  173  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  41.89 
 
 
385 aa  164  3e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  39.82 
 
 
375 aa  163  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
352 aa  152  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  27.3 
 
 
422 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  38.28 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 
378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
883 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 
443 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  34.98 
 
 
378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.04 
 
 
606 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  36.45 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 
753 aa  128  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
766 aa  126  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  32.7 
 
 
453 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
773 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.13 
 
 
601 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 
306 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 
592 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 
786 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.43 
 
 
379 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.46 
 
 
582 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0369  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
600 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136895  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.22 
 
 
475 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2010  diguanylate phosphodiesterase  25.41 
 
 
454 aa  117  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
357 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0965  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
668 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1002  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
697 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 
736 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.111622 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 
853 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
797 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  29.75 
 
 
834 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
596 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
632 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  31.02 
 
 
528 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.6 
 
 
641 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 
671 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 
372 aa  114  3e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.29 
 
 
656 aa  114  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0360964 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.66 
 
 
890 aa  114  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0292  diguanylate phosphodiesterase  31.58 
 
 
249 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
590 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.73 
 
 
1486 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  32.47 
 
 
590 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0540  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.71 
 
 
693 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344022 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.6 
 
 
736 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2098  GGDEF family protein  29.92 
 
 
645 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
537 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.2 
 
 
767 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467962 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.84 
 
 
877 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  26.17 
 
 
1494 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2943  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 
816 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
580 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  27.33 
 
 
567 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.85 
 
 
960 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1913  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
720 aa  111  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  27.58 
 
 
568 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  30.38 
 
 
567 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  30.38 
 
 
567 aa  110  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  30.38 
 
 
567 aa  110  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  30.38 
 
 
567 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  30.38 
 
 
567 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
754 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 
769 aa  110  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  30.52 
 
 
382 aa  110  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 
788 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543236 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 
842 aa  110  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.141816 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 
515 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003636  sensory box/GGDEF family protein  25.24 
 
 
719 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  27.54 
 
 
544 aa  109  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 
826 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.153825 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.28 
 
 
717 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
584 aa  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.37 
 
 
667 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.85 
 
 
684 aa  109  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3600  putative diguanylate phosphodiesterase  27.46 
 
 
502 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.8 
 
 
777 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>