More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0555 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.13 
 
 
572 aa  792    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  100 
 
 
584 aa  1203    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 
585 aa  1070    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.6 
 
 
580 aa  785    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.77 
 
 
585 aa  1095    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.32 
 
 
590 aa  756    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.78 
 
 
584 aa  1109    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.6 
 
 
585 aa  1093    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.6 
 
 
585 aa  1092    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  95.89 
 
 
583 aa  1126    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  96.06 
 
 
583 aa  1130    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.7 
 
 
581 aa  820    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.09 
 
 
584 aa  1144    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  70.21 
 
 
584 aa  814    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.95 
 
 
590 aa  504  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  44.66 
 
 
582 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.18 
 
 
584 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  43.33 
 
 
601 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.3 
 
 
592 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  42.61 
 
 
590 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  42.61 
 
 
590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.46 
 
 
596 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.11 
 
 
632 aa  444  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
599 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.44 
 
 
606 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.46 
 
 
605 aa  385  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.12 
 
 
611 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 
773 aa  333  4e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
616 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
753 aa  331  3e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.14 
 
 
637 aa  330  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 
616 aa  331  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
786 aa  330  6e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
594 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
594 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.11 
 
 
610 aa  325  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  42.26 
 
 
409 aa  325  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.31 
 
 
627 aa  323  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.45 
 
 
633 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
883 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
587 aa  319  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.28 
 
 
797 aa  318  1e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
610 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 
612 aa  318  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.53 
 
 
766 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 
615 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
613 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.87 
 
 
598 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
613 aa  312  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
613 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 
613 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
612 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
612 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
676 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  52.71 
 
 
379 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  52.33 
 
 
357 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  52.61 
 
 
306 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.48 
 
 
1036 aa  242  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.29 
 
 
633 aa  240  6.999999999999999e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
599 aa  238  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.81 
 
 
590 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  48.32 
 
 
284 aa  232  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.03 
 
 
603 aa  226  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  43.22 
 
 
475 aa  210  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.01 
 
 
1023 aa  206  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  33.72 
 
 
353 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.3 
 
 
806 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  38.33 
 
 
437 aa  173  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  37.19 
 
 
351 aa  173  9e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 
565 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.23 
 
 
594 aa  160  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  37.17 
 
 
254 aa  160  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.67 
 
 
734 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  35.83 
 
 
362 aa  150  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  35.83 
 
 
360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 
416 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.59 
 
 
254 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.54 
 
 
371 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
332 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
864 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 
352 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 
340 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 
310 aa  134  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 
256 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
251 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.9 
 
 
710 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 
441 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 
255 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  33.72 
 
 
423 aa  130  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 
291 aa  130  8.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 
447 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 
318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.05 
 
 
283 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 
265 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 
356 aa  128  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  30.45 
 
 
259 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
449 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  35.04 
 
 
428 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>