More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3886 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  100 
 
 
590 aa  1205    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.68 
 
 
584 aa  920    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  94.92 
 
 
590 aa  1150    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.66 
 
 
596 aa  1002    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  66.61 
 
 
592 aa  777    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  73.24 
 
 
582 aa  866    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  72.68 
 
 
601 aa  868    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.7 
 
 
590 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.53 
 
 
632 aa  464  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.28 
 
 
581 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  42.61 
 
 
584 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.73 
 
 
585 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.73 
 
 
585 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.91 
 
 
584 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.26 
 
 
584 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.91 
 
 
585 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.54 
 
 
585 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.54 
 
 
583 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.73 
 
 
583 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.06 
 
 
606 aa  442  9.999999999999999e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.17 
 
 
590 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  42.34 
 
 
584 aa  435  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.28 
 
 
572 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.93 
 
 
611 aa  418  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 
580 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  65.72 
 
 
379 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  65 
 
 
306 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  65.41 
 
 
357 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.36 
 
 
605 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.29 
 
 
599 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 
594 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 
594 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.18 
 
 
616 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
612 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
613 aa  365  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
616 aa  365  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 
612 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 
612 aa  363  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
587 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
610 aa  363  6e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.65 
 
 
613 aa  361  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.3 
 
 
615 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
613 aa  361  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
613 aa  361  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.39 
 
 
610 aa  355  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 
633 aa  352  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.18 
 
 
786 aa  352  1e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.03 
 
 
883 aa  351  2e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 
676 aa  345  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.23 
 
 
797 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.6 
 
 
627 aa  340  5.9999999999999996e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 
766 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
773 aa  336  7e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
598 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.31 
 
 
637 aa  335  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 
753 aa  325  1e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  40.69 
 
 
409 aa  297  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 
599 aa  263  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
633 aa  257  5e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  31.29 
 
 
603 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  39.58 
 
 
353 aa  252  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.5 
 
 
1036 aa  232  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.1 
 
 
590 aa  224  3e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.97 
 
 
1023 aa  223  6e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 
594 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  42.8 
 
 
284 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
806 aa  188  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 
565 aa  187  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  43.11 
 
 
254 aa  177  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  40.17 
 
 
475 aa  170  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  35.15 
 
 
351 aa  163  7e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.75 
 
 
734 aa  161  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  38.59 
 
 
352 aa  161  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  37.18 
 
 
437 aa  160  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  39.34 
 
 
371 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  39.29 
 
 
356 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  35.77 
 
 
367 aa  146  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  28.08 
 
 
343 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 
416 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.17 
 
 
362 aa  137  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 
256 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  39.06 
 
 
265 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.6 
 
 
360 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 
259 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
413 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.1 
 
 
743 aa  133  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 
475 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
266 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.61 
 
 
407 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  38.94 
 
 
283 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  34.1 
 
 
255 aa  130  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  33.33 
 
 
256 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
848 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.06 
 
 
703 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  36.51 
 
 
385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  34.87 
 
 
567 aa  128  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  34.87 
 
 
567 aa  128  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>