More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3112 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
244 aa  480  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  72.57 
 
 
456 aa  310  1e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  68.28 
 
 
453 aa  284  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  49.07 
 
 
443 aa  169  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  47.01 
 
 
378 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  45.73 
 
 
366 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  44.3 
 
 
378 aa  153  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  40.87 
 
 
392 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 
475 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  43.2 
 
 
382 aa  134  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  44.93 
 
 
362 aa  132  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.42 
 
 
413 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.22 
 
 
710 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  39.2 
 
 
432 aa  125  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.05 
 
 
403 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.13 
 
 
411 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  37.38 
 
 
454 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.19 
 
 
402 aa  122  5e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  35.75 
 
 
485 aa  122  5e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  39.9 
 
 
410 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.25 
 
 
703 aa  120  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.82 
 
 
409 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.6 
 
 
385 aa  116  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  36.22 
 
 
425 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  43.78 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.95 
 
 
590 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  43.41 
 
 
372 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.93 
 
 
422 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 
606 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  34.88 
 
 
447 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.73 
 
 
447 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 
632 aa  108  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
475 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.56 
 
 
407 aa  107  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 
429 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.89 
 
 
379 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
357 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.34 
 
 
419 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.59 
 
 
750 aa  105  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 
352 aa  105  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.34 
 
 
419 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.37 
 
 
409 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.98 
 
 
584 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 
584 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 
592 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.41 
 
 
306 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.27 
 
 
590 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.62 
 
 
596 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
583 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
584 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
583 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 
797 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  36.62 
 
 
375 aa  101  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
581 aa  101  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.24 
 
 
613 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
616 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
585 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.19 
 
 
582 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
585 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.74 
 
 
572 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
585 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 
616 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  36.28 
 
 
340 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 
584 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
585 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.84 
 
 
590 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.84 
 
 
590 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 
584 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.65 
 
 
580 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 
601 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
611 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
753 aa  97.4  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
883 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  36.13 
 
 
442 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  38.98 
 
 
847 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  31.08 
 
 
800 aa  95.5  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.91 
 
 
773 aa  95.9  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
250 aa  95.5  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.51 
 
 
777 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  29.82 
 
 
351 aa  95.1  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
627 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3045  sensory box/GGDEF family protein  32.72 
 
 
367 aa  94  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
673 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.91 
 
 
605 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 
262 aa  93.6  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.8 
 
 
523 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  34.47 
 
 
803 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 
766 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
254 aa  92.4  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.91 
 
 
878 aa  92.4  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.95 
 
 
805 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.04 
 
 
284 aa  91.7  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 
515 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0891  GGDEF family protein  35.35 
 
 
433 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331841  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.85 
 
 
1069 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.8 
 
 
523 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.178264  normal  0.217843 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 
594 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 
594 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.52 
 
 
786 aa  90.5  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
809 aa  90.5  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>