More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1820 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
599 aa  1241    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 
632 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  39.66 
 
 
584 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.93 
 
 
584 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.77 
 
 
585 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.72 
 
 
585 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.54 
 
 
585 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
584 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.3 
 
 
596 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.37 
 
 
583 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.48 
 
 
572 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.29 
 
 
590 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.74 
 
 
580 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
590 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.54 
 
 
590 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.93 
 
 
583 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  37.22 
 
 
590 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.15 
 
 
585 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
581 aa  389  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
584 aa  385  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.16 
 
 
606 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  38.89 
 
 
584 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.94 
 
 
582 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.17 
 
 
601 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.01 
 
 
605 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.92 
 
 
592 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.52 
 
 
611 aa  346  6e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 
797 aa  334  3e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
627 aa  334  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
633 aa  333  8e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
610 aa  332  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.99 
 
 
637 aa  330  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.66 
 
 
753 aa  327  5e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.44 
 
 
773 aa  324  3e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33 
 
 
883 aa  323  8e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.72 
 
 
786 aa  320  5e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 
766 aa  320  5e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.46 
 
 
594 aa  306  6e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.87 
 
 
616 aa  306  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.46 
 
 
594 aa  306  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
598 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.19 
 
 
616 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 
613 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
612 aa  298  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 
613 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
612 aa  297  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 
613 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
615 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.68 
 
 
612 aa  296  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
613 aa  294  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 
610 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 
587 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  36.59 
 
 
409 aa  267  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  32.5 
 
 
603 aa  263  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
676 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
599 aa  242  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.68 
 
 
590 aa  238  2e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
633 aa  236  1.0000000000000001e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 
1036 aa  234  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  39.17 
 
 
353 aa  224  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  44.87 
 
 
306 aa  216  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  44.44 
 
 
357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  44.44 
 
 
379 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.58 
 
 
1023 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 
594 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.97 
 
 
806 aa  191  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  37.87 
 
 
284 aa  177  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.83 
 
 
475 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 
565 aa  156  9e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  35.27 
 
 
360 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  35.27 
 
 
362 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  36.55 
 
 
437 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.69 
 
 
413 aa  150  8e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
353 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 
312 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
318 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.63 
 
 
734 aa  143  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 
319 aa  142  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  32.81 
 
 
254 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 
322 aa  139  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.47 
 
 
351 aa  140  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  30 
 
 
343 aa  139  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
373 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
446 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  30.94 
 
 
291 aa  136  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  31 
 
 
256 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 
352 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
356 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 
441 aa  134  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  29.8 
 
 
818 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  31.18 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  36.46 
 
 
462 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 
310 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  34.33 
 
 
446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 
416 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
877 aa  130  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.4 
 
 
754 aa  130  9.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>