More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2318 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 371 aa  754    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  51.39 
 
 		 356 aa  355  8.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  46.05 
 
 		 352 aa  315  8e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  42.86 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.68 
 
 		 734 aa  223  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  36.86 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  36.36 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.94 
 
 		 351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  40.34 
 
 		 254 aa  168  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  39.58 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  39.68 
 
 		 262 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  40.69 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  40.41 
 
 		 259 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  34.31 
 
 		 254 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  38.37 
 
 		 257 aa  157  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  41.18 
 
 		 265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  41.91 
 
 		 283 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  41.8 
 
 		 265 aa  156  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  42.32 
 
 		 332 aa  156  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  39.34 
 
 		 590 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  38.86 
 
 		 255 aa  153  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  38.52 
 
 		 590 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 		 259 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.9 
 
 		 596 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.25 
 
 		 592 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  36.82 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  37.13 
 
 		 306 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 		 584 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  37.55 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 		 797 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  37.13 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  37.76 
 
 		 253 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  39.91 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  36.91 
 
 		 256 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 		 253 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  37.71 
 
 		 258 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  35.56 
 
 		 260 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  37.29 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.25 
 
 		 581 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  36.56 
 
 		 246 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  36.56 
 
 		 246 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.03 
 
 		 786 aa  142  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 475 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  39.22 
 
 		 257 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.89 
 
 		 753 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 		 584 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 		 252 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 		 263 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  37.55 
 
 		 257 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 		 266 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.95 
 
 		 409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  40.74 
 
 		 259 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  35.54 
 
 		 584 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 590 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 584 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 632 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 		 605 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 583 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  33.86 
 
 		 257 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  33.86 
 
 		 257 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  37.83 
 
 		 249 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 583 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.58 
 
 		 584 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 		 572 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 		 585 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 		 585 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  33.86 
 
 		 257 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  33.07 
 
 		 258 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 		 585 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 		 257 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 		 585 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  35.02 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.16 
 
 		 766 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.4 
 
 		 601 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 580 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.18 
 
 		 599 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 		 259 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.4 
 
 		 582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 		 773 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.75 
 
 		 633 aa  130  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 		 251 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 		 883 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  29.66 
 
 		 406 aa  126  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.14 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  35.55 
 
 		 257 aa  123  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 590 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  35.24 
 
 		 224 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 		 431 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 437 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 		 611 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  31.3 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.47 
 
 		 239 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5122  RNase II stability modulator  33.2 
 
 		 667 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0232161 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5285  RNase II stability modulator  31.73 
 
 		 667 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.445502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.34 
 
 		 655 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 		 776 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 		 361 aa  116  7.999999999999999e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 		 1101 aa  116  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3554  RNase II stability modulator  31.33 
 
 		 667 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.108406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>