More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0730 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  100 
 
 
343 aa  693    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.78 
 
 
1036 aa  199  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.4 
 
 
1023 aa  189  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
786 aa  156  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
753 aa  153  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
766 aa  152  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  29.41 
 
 
353 aa  149  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  28.34 
 
 
590 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.94 
 
 
797 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  28.08 
 
 
590 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
883 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  29.45 
 
 
601 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.01 
 
 
773 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  28.4 
 
 
582 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
599 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  27.53 
 
 
592 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 
584 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
590 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  38 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 
308 aa  130  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 
305 aa  129  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 
322 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
304 aa  127  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.3 
 
 
596 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
310 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 
297 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 
318 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
312 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.25 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.08 
 
 
1131 aa  119  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  34.2 
 
 
436 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 
441 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.47 
 
 
443 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
442 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 
353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  34.18 
 
 
373 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  31.72 
 
 
446 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.42 
 
 
412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  26.3 
 
 
603 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.14 
 
 
443 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.91 
 
 
312 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.74 
 
 
606 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.6 
 
 
594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.75 
 
 
605 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
580 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 
552 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
581 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  27.68 
 
 
584 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.7 
 
 
590 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
438 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  25.32 
 
 
584 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 
442 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 
319 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  34.5 
 
 
1111 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.94 
 
 
585 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.94 
 
 
585 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.66 
 
 
599 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 
585 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
572 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.15 
 
 
598 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 
587 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.76 
 
 
583 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.56 
 
 
584 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.33 
 
 
610 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 
613 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.35 
 
 
583 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
462 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
585 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  31.72 
 
 
446 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.29 
 
 
611 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 
613 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 
615 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 
613 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.65 
 
 
590 aa  99.8  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
633 aa  99.8  6e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  33.15 
 
 
441 aa  99.4  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 
612 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 
584 aa  99.4  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  33.77 
 
 
439 aa  99.4  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.02 
 
 
806 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.87 
 
 
676 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.71 
 
 
612 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.71 
 
 
612 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.43 
 
 
633 aa  95.9  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 
637 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.43 
 
 
610 aa  95.5  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.87 
 
 
613 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  30.95 
 
 
326 aa  94.4  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.14 
 
 
627 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.95 
 
 
326 aa  92.4  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.58 
 
 
616 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 
565 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 
616 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 
340 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
594 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
594 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  31.74 
 
 
278 aa  70.1  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 
617 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>