More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1154 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.61 
 
 
599 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  100 
 
 
603 aa  1230    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  36.17 
 
 
590 aa  356  6.999999999999999e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
594 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
599 aa  263  6e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
596 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.99 
 
 
592 aa  255  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  31.29 
 
 
590 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.18 
 
 
601 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
766 aa  251  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  30.48 
 
 
590 aa  250  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 
584 aa  249  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
753 aa  247  4e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
590 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 
613 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
584 aa  239  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
637 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.33 
 
 
632 aa  236  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  29.79 
 
 
582 aa  236  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.26 
 
 
883 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 
797 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 
633 aa  234  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
594 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 
613 aa  232  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
594 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.98 
 
 
612 aa  231  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.52 
 
 
612 aa  229  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
610 aa  229  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.98 
 
 
612 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
585 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 
627 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.27 
 
 
590 aa  228  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
581 aa  228  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 
584 aa  227  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.64 
 
 
616 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  30.03 
 
 
584 aa  226  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
585 aa  226  8e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.12 
 
 
585 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.8 
 
 
616 aa  226  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 
613 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 
613 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 
615 aa  225  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
598 aa  224  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
611 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.58 
 
 
584 aa  221  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.07 
 
 
610 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.39 
 
 
572 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.07 
 
 
587 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
605 aa  219  7.999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.31 
 
 
583 aa  219  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.72 
 
 
786 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.18 
 
 
583 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.33 
 
 
585 aa  216  9e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 
580 aa  208  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.27 
 
 
676 aa  206  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.71 
 
 
773 aa  195  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
606 aa  189  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.5 
 
 
1036 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.94 
 
 
633 aa  181  4e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.59 
 
 
1023 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.67 
 
 
806 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.14 
 
 
409 aa  148  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.96 
 
 
565 aa  141  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  31.37 
 
 
357 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 
306 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  30.38 
 
 
379 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  29.09 
 
 
818 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.03 
 
 
284 aa  127  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1271  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 
649 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1238 aa  124  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.905647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  29.79 
 
 
353 aa  124  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.06 
 
 
1262 aa  123  9e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1743  sensory box protein  32.17 
 
 
719 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  32.44 
 
 
919 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.78 
 
 
699 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
701 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.71 
 
 
666 aa  121  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.56 
 
 
900 aa  121  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
567 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  30.36 
 
 
800 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.18 
 
 
1047 aa  120  7.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2182  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
768 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  31.2 
 
 
568 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  31.2 
 
 
567 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  31.2 
 
 
567 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  31.87 
 
 
566 aa  120  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  31.2 
 
 
567 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.88 
 
 
890 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  31.2 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
403 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 
979 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  31.2 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 
667 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
667 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0550  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 
595 aa  118  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.38 
 
 
754 aa  118  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.03 
 
 
827 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0051075  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000489  sensory box/GGDEF family protein  27.64 
 
 
763 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  30.34 
 
 
567 aa  117  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.84 
 
 
1082 aa  117  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>