More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3107 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.58 
 
 
627 aa  827    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.54 
 
 
637 aa  907    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.37 
 
 
598 aa  713    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
610 aa  1240    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.02 
 
 
633 aa  1229    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 
594 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 
594 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.54 
 
 
616 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.13 
 
 
616 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.57 
 
 
613 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 
612 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.25 
 
 
610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.25 
 
 
587 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 
612 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.61 
 
 
612 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.33 
 
 
615 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.44 
 
 
613 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.17 
 
 
613 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.17 
 
 
613 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.28 
 
 
606 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.1 
 
 
676 aa  422  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.81 
 
 
611 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
632 aa  381  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.44 
 
 
590 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  37.61 
 
 
601 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.31 
 
 
582 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 
596 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.95 
 
 
592 aa  357  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.39 
 
 
590 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
581 aa  350  5e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.87 
 
 
590 aa  349  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 
584 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
599 aa  332  1e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.99 
 
 
584 aa  332  1e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.11 
 
 
584 aa  325  1e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
584 aa  325  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 
585 aa  323  6e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
585 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
585 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
584 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.82 
 
 
583 aa  319  9e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
583 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.52 
 
 
585 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.68 
 
 
605 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.55 
 
 
572 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.55 
 
 
580 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.46 
 
 
590 aa  296  7e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.88 
 
 
773 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.47 
 
 
753 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.27 
 
 
766 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
883 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.64 
 
 
797 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.4 
 
 
786 aa  236  7e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.32 
 
 
603 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  38.57 
 
 
353 aa  217  5.9999999999999996e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
599 aa  207  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.33 
 
 
409 aa  206  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 
633 aa  202  9.999999999999999e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.76 
 
 
594 aa  201  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.71 
 
 
1023 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  24.83 
 
 
590 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.38 
 
 
1036 aa  183  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  55.47 
 
 
245 aa  176  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.83 
 
 
806 aa  172  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.37 
 
 
306 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  34.8 
 
 
379 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.17 
 
 
357 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  36.25 
 
 
284 aa  160  9e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  38.43 
 
 
254 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.99 
 
 
565 aa  148  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 
441 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
552 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 
319 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
252 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  30.33 
 
 
263 aa  121  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  30.49 
 
 
475 aa  120  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.52 
 
 
710 aa  120  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.62 
 
 
351 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.91 
 
 
256 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  37.34 
 
 
411 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 
246 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
385 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 
246 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 
254 aa  118  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  34.01 
 
 
485 aa  118  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.45 
 
 
239 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 
312 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 
413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.22 
 
 
734 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 
340 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
677 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  35.87 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  33.18 
 
 
283 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.46 
 
 
437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.98 
 
 
318 aa  115  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>