More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1162 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  100 
 
 
373 aa  761    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.18 
 
 
319 aa  371  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.59 
 
 
312 aa  333  2e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.85 
 
 
353 aa  318  9e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.37 
 
 
310 aa  192  6e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
305 aa  186  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.52 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 
443 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.86 
 
 
552 aa  180  4e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 
308 aa  178  1e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.72 
 
 
443 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  33.8 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.09 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 
312 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.8 
 
 
441 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  45.36 
 
 
442 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 
297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.02 
 
 
304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
1131 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 
412 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  35 
 
 
1111 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  44.81 
 
 
436 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 
313 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 
326 aa  153  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
438 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
462 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.75 
 
 
786 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  33.11 
 
 
326 aa  150  4e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.17 
 
 
340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
441 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
439 aa  142  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.06 
 
 
753 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.99 
 
 
883 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
599 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.11 
 
 
773 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.08 
 
 
1023 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
446 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.58 
 
 
766 aa  136  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  37.62 
 
 
442 aa  135  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.57 
 
 
797 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.5 
 
 
1036 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
353 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.48 
 
 
637 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
590 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.43 
 
 
596 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
632 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  34.18 
 
 
343 aa  116  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.93 
 
 
590 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.33 
 
 
594 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
633 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
610 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.61 
 
 
627 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.93 
 
 
590 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 
598 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.23 
 
 
584 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
606 aa  112  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.81 
 
 
582 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.81 
 
 
601 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  34.93 
 
 
590 aa  107  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.59 
 
 
584 aa  106  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
590 aa  106  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.87 
 
 
592 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
581 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.55 
 
 
633 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.16 
 
 
587 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.16 
 
 
610 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 
583 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.76 
 
 
580 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.33 
 
 
611 aa  99.4  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  29.71 
 
 
278 aa  98.6  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 
613 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
583 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
612 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
612 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
585 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
585 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
572 aa  97.4  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
585 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.93 
 
 
599 aa  95.1  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
584 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
585 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 
612 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.51 
 
 
584 aa  94  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4451  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.76 
 
 
314 aa  93.6  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
584 aa  93.2  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
806 aa  93.6  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.23 
 
 
613 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  35.48 
 
 
603 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0804  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.94 
 
 
314 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.504991 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 
676 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
613 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
613 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.53 
 
 
615 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0013  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 
314 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.992585 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4115  response regulator receiver protein  25.82 
 
 
311 aa  90.1  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
616 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0280  response regulator receiver protein  24.54 
 
 
295 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.932912 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.17 
 
 
605 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>