More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4836 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
254 aa  507  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.82 
 
 
610 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.82 
 
 
587 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.8 
 
 
613 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.22 
 
 
616 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.22 
 
 
616 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.54 
 
 
615 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.54 
 
 
613 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.54 
 
 
613 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.18 
 
 
612 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.09 
 
 
612 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.68 
 
 
612 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.75 
 
 
613 aa  198  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.58 
 
 
594 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.58 
 
 
594 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.16 
 
 
596 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.59 
 
 
584 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  43.11 
 
 
590 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  39.92 
 
 
306 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 
592 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  42.67 
 
 
590 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
611 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  41.59 
 
 
601 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  39.42 
 
 
357 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
580 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  39 
 
 
379 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  40.26 
 
 
582 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 
676 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  38.7 
 
 
584 aa  169  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
581 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 
572 aa  162  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.05 
 
 
583 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
585 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
585 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
585 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.05 
 
 
583 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  37.17 
 
 
584 aa  160  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.62 
 
 
284 aa  159  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.17 
 
 
584 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
585 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.03 
 
 
590 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.28 
 
 
584 aa  156  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.43 
 
 
633 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.57 
 
 
606 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.43 
 
 
610 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
632 aa  155  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.22 
 
 
409 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.33 
 
 
637 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
627 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.95 
 
 
598 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
590 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
599 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
605 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
475 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
633 aa  132  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 
599 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
773 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
786 aa  129  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
766 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
797 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 
883 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  32.34 
 
 
351 aa  122  4e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 
437 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
454 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  32.64 
 
 
413 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.46 
 
 
753 aa  115  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.77 
 
 
603 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.71 
 
 
734 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  32.67 
 
 
416 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 
425 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 
428 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  30.08 
 
 
356 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  36.73 
 
 
428 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  36.55 
 
 
352 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  36.28 
 
 
428 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  36.61 
 
 
423 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  37.33 
 
 
385 aa  108  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.71 
 
 
447 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
424 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
428 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
428 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
428 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.18 
 
 
864 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.34 
 
 
409 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 
352 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  32.2 
 
 
371 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  27.31 
 
 
362 aa  102  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
382 aa  102  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  33.92 
 
 
429 aa  102  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 
413 aa  102  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  27.31 
 
 
360 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.58 
 
 
1021 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  30.49 
 
 
421 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
432 aa  101  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
570 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0707223  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 
426 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
426 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 
426 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
447 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  29.88 
 
 
440 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>