More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1101 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  92.49 
 
 		 426 aa  799    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  90.38 
 
 		 447 aa  750    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  90 
 
 		 423 aa  702    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  90.85 
 
 		 426 aa  757    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 426 aa  860    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  90.85 
 
 		 426 aa  757    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  98.59 
 
 		 426 aa  850    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  62.03 
 
 		 427 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  61.08 
 
 		 427 aa  518  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  64.32 
 
 		 403 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  63.82 
 
 		 403 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  55.82 
 
 		 424 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  56.12 
 
 		 440 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  55.4 
 
 		 446 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  67.51 
 
 		 482 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  67.51 
 
 		 474 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  67.51 
 
 		 474 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  38.68 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  39.34 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  38.63 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  38.63 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  38.63 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  38.7 
 
 		 428 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  38.28 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  35.77 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  39.35 
 
 		 423 aa  247  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 		 464 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  38.2 
 
 		 515 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.2 
 
 		 464 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 		 441 aa  240  4e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  35.03 
 
 		 419 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  39.04 
 
 		 424 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  37.53 
 
 		 422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  37.2 
 
 		 425 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  38.01 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  29.81 
 
 		 428 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  34.45 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  35.66 
 
 		 424 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  35.66 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.66 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  37.34 
 
 		 424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  37.34 
 
 		 424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  35.41 
 
 		 424 aa  221  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  35.41 
 
 		 424 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 		 422 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 		 422 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 		 424 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 		 424 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  35.63 
 
 		 436 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 		 424 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 		 424 aa  215  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 		 424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  36.71 
 
 		 436 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  36.57 
 
 		 424 aa  206  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 		 790 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.34 
 
 		 411 aa  196  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  30.42 
 
 		 421 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.32 
 
 		 777 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 		 780 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  29.85 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  26.46 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  34.14 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 416 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  32.94 
 
 		 262 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 		 431 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  33.46 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  33.85 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  30.58 
 
 		 266 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 		 584 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  35.18 
 
 		 288 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.36 
 
 		 362 aa  119  9e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.36 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 		 596 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.78 
 
 		 592 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.39 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.48 
 
 		 582 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 		 883 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 		 572 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  28.39 
 
 		 387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 		 379 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.36 
 
 		 590 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 		 306 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.51 
 
 		 590 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.42 
 
 		 773 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 		 605 aa  109  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 		 580 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 766 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 197 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 		 806 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 352 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  27.32 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.82 
 
 		 656 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 		 581 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 		 475 aa  106  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  33.06 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 		 263 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 		 610 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  30.77 
 
 		 284 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 		 590 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>