More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3107 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 259 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  57.43 
 
 		 256 aa  292  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  59.41 
 
 		 254 aa  285  7e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  60.64 
 
 		 332 aa  284  8e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  58.02 
 
 		 266 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  56.92 
 
 		 259 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  54.07 
 
 		 253 aa  272  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  56.07 
 
 		 251 aa  268  7e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  52 
 
 		 259 aa  267  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  56.67 
 
 		 259 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  55.16 
 
 		 260 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  55.98 
 
 		 263 aa  262  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  54.8 
 
 		 260 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  58.09 
 
 		 283 aa  261  8e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  56.68 
 
 		 265 aa  261  8e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  58.09 
 
 		 265 aa  260  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  55.08 
 
 		 258 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  50.4 
 
 		 255 aa  258  8e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  52.42 
 
 		 257 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  52.42 
 
 		 257 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  55.13 
 
 		 258 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  52.02 
 
 		 257 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  51.61 
 
 		 257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  52.48 
 
 		 256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  52.02 
 
 		 258 aa  252  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  54.92 
 
 		 257 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  55.04 
 
 		 252 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  53.56 
 
 		 257 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 		 246 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 		 246 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  49.79 
 
 		 249 aa  238  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  50.63 
 
 		 257 aa  238  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  52.54 
 
 		 257 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  52.3 
 
 		 291 aa  238  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  49.17 
 
 		 254 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  48.46 
 
 		 262 aa  236  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  51.72 
 
 		 248 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  48.33 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  51.36 
 
 		 224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  40 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  39.13 
 
 		 356 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  40.71 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.96 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 		 352 aa  142  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 753 aa  142  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.6 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.6 
 
 		 362 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.81 
 
 		 734 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  40.74 
 
 		 371 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  35.09 
 
 		 390 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 367 aa  135  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.92 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.28 
 
 		 883 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 406 aa  128  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 		 766 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.23 
 
 		 590 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 		 797 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  35.96 
 
 		 357 aa  123  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 786 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 		 633 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 		 773 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 		 632 aa  118  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.92 
 
 		 584 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 		 583 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 		 583 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 		 584 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 585 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 585 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.16 
 
 		 409 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.09 
 
 		 582 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 		 584 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.36 
 
 		 584 aa  116  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 585 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 585 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 584 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 		 605 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  33.78 
 
 		 454 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.84 
 
 		 592 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 812 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.564982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 		 580 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.19 
 
 		 590 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 418 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 572 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 		 601 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 		 581 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  45 
 
 		 422 aa  112  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 357 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 475 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.22 
 
 		 764 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.746479  hitchhiker  0.00744793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3187  GGDEF family protein  29.15 
 
 		 800 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0748  PAS sensor protein  33.03 
 
 		 647 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.78 
 
 		 596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  32.19 
 
 		 590 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  35.45 
 
 		 432 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 		 590 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.32 
 
 		 892 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>