More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1422 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1422  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
261 aa  511  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.415958  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.53 
 
 
606 aa  191  8e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.77 
 
 
584 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.55 
 
 
590 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.57 
 
 
611 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.15 
 
 
596 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.06 
 
 
306 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  34.45 
 
 
590 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.57 
 
 
379 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 
357 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  34.75 
 
 
582 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.32 
 
 
592 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  34.32 
 
 
601 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
616 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
585 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
585 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
585 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
585 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
584 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
583 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
583 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.34 
 
 
632 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  30.17 
 
 
584 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 
580 aa  108  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 
584 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
584 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.97 
 
 
572 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 
616 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.54 
 
 
409 aa  105  9e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.65 
 
 
587 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.65 
 
 
610 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  29.22 
 
 
284 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
613 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
637 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
598 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.29 
 
 
581 aa  99.8  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
590 aa  99.4  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 
590 aa  95.5  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 
612 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 
627 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
615 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
613 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
613 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 
883 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  31.2 
 
 
254 aa  92.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
612 aa  92  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
613 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
612 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 
753 aa  88.2  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.03 
 
 
797 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
610 aa  87  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
633 aa  86.3  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.93 
 
 
734 aa  85.9  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.69 
 
 
773 aa  85.5  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
475 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
786 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.09 
 
 
766 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.79 
 
 
599 aa  82.4  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 
594 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
605 aa  80.5  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 
594 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  29.03 
 
 
454 aa  77.8  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  30.9 
 
 
403 aa  75.5  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.95 
 
 
743 aa  73.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.85 
 
 
676 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  26.51 
 
 
252 aa  72  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  28.15 
 
 
411 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  25.42 
 
 
437 aa  70.1  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  26.58 
 
 
413 aa  65.5  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 
246 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4732  diguanylate phosphodiesterase  28.4 
 
 
408 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.63 
 
 
633 aa  63.9  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  27.62 
 
 
475 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.32 
 
 
710 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  25.41 
 
 
256 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  27.6 
 
 
447 aa  62  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  26.97 
 
 
371 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2566  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.69 
 
 
664 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206192  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 
806 aa  60.1  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.865886  normal  0.0522815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  24.28 
 
 
429 aa  59.7  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  24.9 
 
 
239 aa  60.1  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1006  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
601 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155434  decreased coverage  0.00194225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 
254 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.16 
 
 
402 aa  58.9  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  19.92 
 
 
360 aa  58.9  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  19.92 
 
 
362 aa  58.9  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 
485 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  27.39 
 
 
249 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.11 
 
 
831 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  22.92 
 
 
351 aa  57.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0590  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
227 aa  56.6  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  26.03 
 
 
367 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3134  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
227 aa  56.6  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  23.36 
 
 
263 aa  56.6  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  26.02 
 
 
425 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 
442 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
332 aa  55.8  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  24.48 
 
 
356 aa  55.5  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>