More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1573 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 
415 aa  845    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  66.15 
 
 
471 aa  547  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.9 
 
 
471 aa  544  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  35.05 
 
 
434 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.6 
 
 
419 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  32.78 
 
 
416 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  33.72 
 
 
421 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  34.75 
 
 
426 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.13 
 
 
419 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  33.74 
 
 
451 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  35.59 
 
 
420 aa  210  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.13 
 
 
441 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.66 
 
 
419 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.13 
 
 
419 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.89 
 
 
419 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  33.99 
 
 
436 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 
422 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  34.56 
 
 
433 aa  209  8e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  34.56 
 
 
437 aa  209  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.4 
 
 
468 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  32.43 
 
 
417 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  34.89 
 
 
419 aa  201  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.7 
 
 
423 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  33.58 
 
 
421 aa  200  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  33.49 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  33.66 
 
 
427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  34.59 
 
 
426 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  34.06 
 
 
425 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  32.94 
 
 
419 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.43 
 
 
419 aa  193  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  33.98 
 
 
425 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  33.98 
 
 
425 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  33.98 
 
 
425 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  33.97 
 
 
404 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.98 
 
 
425 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  33.65 
 
 
416 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 
416 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  34.22 
 
 
425 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  33.41 
 
 
411 aa  186  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
430 aa  186  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  32.94 
 
 
426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  31.25 
 
 
415 aa  183  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
418 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
418 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
409 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  32.59 
 
 
418 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  32.59 
 
 
418 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
411 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
410 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
411 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
412 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
412 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  33.33 
 
 
409 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  32.59 
 
 
417 aa  176  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  33.73 
 
 
409 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  34.83 
 
 
412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 
411 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  34.35 
 
 
410 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 
410 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
411 aa  169  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
411 aa  169  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
425 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 
411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
411 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  34.04 
 
 
322 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  34.09 
 
 
411 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
397 aa  93.6  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
396 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
408 aa  87.4  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  23.54 
 
 
415 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
417 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
415 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
375 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
384 aa  74.7  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  26.09 
 
 
367 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
411 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.26 
 
 
365 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
415 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  25.82 
 
 
367 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  25.98 
 
 
365 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  25.54 
 
 
367 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.54 
 
 
401 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  26.72 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  26.72 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.72 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.77 
 
 
367 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
366 aa  67  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
367 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.72 
 
 
367 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.72 
 
 
367 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
369 aa  66.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
415 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 
402 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
415 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
400 aa  65.1  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.46 
 
 
367 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>