More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0176 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
180 aa  353  8.999999999999999e-97  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  75.72 
 
 
177 aa  243  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  64.53 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  54.07 
 
 
176 aa  206  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
176 aa  195  3e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  50.58 
 
 
176 aa  194  7e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  51.65 
 
 
182 aa  190  7e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  48.89 
 
 
233 aa  164  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  45.31 
 
 
186 aa  159  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 
186 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  41.71 
 
 
179 aa  152  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  45.6 
 
 
180 aa  148  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  44.2 
 
 
217 aa  148  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  41.18 
 
 
207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  40.38 
 
 
208 aa  144  5e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 
179 aa  143  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 
179 aa  138  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  40.23 
 
 
179 aa  138  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
169 aa  97.8  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.67 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
171 aa  95.1  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94.4  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
172 aa  94.4  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
170 aa  93.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
171 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.63 
 
 
172 aa  92.4  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 
181 aa  90.9  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.71 
 
 
172 aa  90.5  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
173 aa  89.4  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
169 aa  89.4  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  32.51 
 
 
235 aa  87.4  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 
171 aa  86.3  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
172 aa  85.9  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
181 aa  85.9  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 
172 aa  85.9  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
174 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  32 
 
 
177 aa  82.4  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  30.29 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 
166 aa  81.3  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
169 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  34.32 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
210 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
200 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
197 aa  78.6  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.35 
 
 
166 aa  78.2  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
225 aa  77.4  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  26.44 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  26.86 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  28.07 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
170 aa  73.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
167 aa  73.9  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32.57 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
169 aa  72  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
188 aa  72  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.17 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  33.99 
 
 
157 aa  71.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  31.67 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
189 aa  71.2  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
169 aa  70.9  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  32.03 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>