More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0555 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 433 aa  869    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  70.64 
 
 		 455 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  63 
 
 		 459 aa  544  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  66.42 
 
 		 409 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  57.34 
 
 		 430 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  56.56 
 
 		 426 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  57.93 
 
 		 433 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  65.76 
 
 		 440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  56.86 
 
 		 423 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.22 
 
 		 440 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  66.67 
 
 		 401 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  57.34 
 
 		 430 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  65.22 
 
 		 440 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  59.1 
 
 		 413 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  57.92 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  63.72 
 
 		 319 aa  430  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 448 aa  231  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  36.04 
 
 		 435 aa  225  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  35.14 
 
 		 433 aa  208  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 627 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 607 aa  97.8  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.51 
 
 		 454 aa  94  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  26.82 
 
 		 401 aa  94  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 424 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  29.16 
 
 		 397 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 546 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 424 aa  87.4  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 421 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  25.65 
 
 		 422 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 538 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 537 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 460 aa  84  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  26.69 
 
 		 488 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 454 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 404 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  25.42 
 
 		 629 aa  80.5  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 489 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 491 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.42 
 
 		 500 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 683 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24.22 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  23.21 
 
 		 504 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 552 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 373 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  26.57 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 510 aa  76.6  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 427 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 523 aa  76.6  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 537 aa  76.6  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  24.29 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 457 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 433 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  26.14 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 407 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 640 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  34.05 
 
 		 530 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 411 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  24.11 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  24.06 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  28.84 
 
 		 625 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  26.26 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  25.92 
 
 		 484 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  26.49 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 502 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 428 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 525 aa  73.6  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  25.31 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 510 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  25.24 
 
 		 374 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 545 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  27.89 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 715 aa  72  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  24.65 
 
 		 484 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 		 510 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  25.36 
 
 		 484 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  25.66 
 
 		 527 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.16 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  28.73 
 
 		 472 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  27.91 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  24.61 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  23.21 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  24.51 
 
 		 520 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  24.51 
 
 		 520 aa  70.5  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  32.96 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 370 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  23.7 
 
 		 459 aa  70.1  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>