More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2273 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  481  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0268  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 209 aa  97.4  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.784596 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  37.58 
 
 		 194 aa  91.3  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 214 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  38.73 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  30.65 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 209 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  33.14 
 
 		 198 aa  72  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  36.67 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  38.52 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12926  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.394038 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  44.16 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  31.43 
 
 		 197 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 197 aa  52.8  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 210 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 219 aa  51.6  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 202 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 180 aa  50.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  40.28 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2304  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 225 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 219 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 215 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 204 aa  49.7  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  43.4 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1005  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 212 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 		 186 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 203 aa  48.9  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2617  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 207 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 207 aa  48.9  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0654  transcriptional regulator, TetR family  42.67 
 
 		 185 aa  48.9  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2892  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 207 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3860  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 236 aa  48.5  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195527  normal  0.716599 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 201 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4342  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 218 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243053 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 196 aa  48.5  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22560  transcriptional regulator, tetR family  41.94 
 
 		 208 aa  48.5  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0880115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 199 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3867  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.53155  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 192 aa  47.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5253  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0005  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0576727  normal  0.763846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 275 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 197 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 		 190 aa  45.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 201 aa  46.2  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  33.82 
 
 		 198 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 225 aa  45.8  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0321  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 161 aa  45.8  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000162147  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>