More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3754 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  100 
 
 		 512 aa  1004    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  57.78 
 
 		 510 aa  491  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.56 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 538 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 614 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 516 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 517 aa  240  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 520 aa  240  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 521 aa  225  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 599 aa  223  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 448 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 448 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 507 aa  215  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 507 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 568 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 636 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 532 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 696 aa  136  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 675 aa  133  9e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 572 aa  131  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  32.08 
 
 		 340 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 491 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 464 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 569 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 314 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 307 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.51 
 
 		 1073 aa  126  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 941 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  42.94 
 
 		 410 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 		 901 aa  126  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.04 
 
 		 557 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  37.43 
 
 		 427 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 722 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 916 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 285 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.54 
 
 		 1000 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 470 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 306 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 312 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 285 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 308 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 492 aa  124  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 308 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 405 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 		 301 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.39 
 
 		 319 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 353 aa  124  6e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 285 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 578 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 281 aa  124  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 451 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 487 aa  123  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.19 
 
 		 315 aa  123  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 392 aa  123  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 342 aa  123  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  32.88 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.83 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 542 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 387 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 306 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 555 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 471 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 714 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.52 
 
 		 332 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 342 aa  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 407 aa  121  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 227 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 559 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.52 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 563 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>