More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2883 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  50.42 
 
 		 714 aa  727    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  86.2 
 
 		 413 aa  746    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  48.61 
 
 		 713 aa  706    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  49.93 
 
 		 715 aa  704    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 716 aa  1485    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  98.46 
 
 		 716 aa  1464    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  86.17 
 
 		 716 aa  1299    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  43.63 
 
 		 700 aa  589  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  79.92 
 
 		 262 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.17 
 
 		 717 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  23.63 
 
 		 774 aa  105  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.89 
 
 		 696 aa  97.4  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  21.72 
 
 		 729 aa  90.5  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.62 
 
 		 702 aa  87.8  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  20.43 
 
 		 693 aa  84  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.08 
 
 		 772 aa  73.2  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.74 
 
 		 298 aa  72  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  22.47 
 
 		 1042 aa  70.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  20.31 
 
 		 712 aa  70.1  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  22.06 
 
 		 1042 aa  70.1  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  22.73 
 
 		 1040 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.78 
 
 		 572 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.34 
 
 		 725 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  23.1 
 
 		 416 aa  67.8  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  24.73 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  23.13 
 
 		 1005 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  27.17 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  25.48 
 
 		 1014 aa  65.1  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  22.37 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  26.96 
 
 		 567 aa  64.3  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 433 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 443 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  24.04 
 
 		 449 aa  63.5  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  28.7 
 
 		 414 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  20.87 
 
 		 691 aa  63.9  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 423 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  23.17 
 
 		 656 aa  62.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 423 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.83 
 
 		 444 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  27 
 
 		 354 aa  62  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.33 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  28.21 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.11 
 
 		 1028 aa  61.6  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  22.7 
 
 		 450 aa  61.2  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  29.77 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  23.26 
 
 		 1090 aa  61.2  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  25.86 
 
 		 642 aa  61.2  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.89 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  22.68 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  22.39 
 
 		 1071 aa  60.1  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.96 
 
 		 518 aa  60.1  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  23.11 
 
 		 446 aa  60.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.53 
 
 		 435 aa  60.5  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  28.45 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  28.21 
 
 		 433 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  29.36 
 
 		 450 aa  60.1  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  20.89 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  34.58 
 
 		 1092 aa  59.3  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  28.65 
 
 		 446 aa  59.3  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  22.02 
 
 		 970 aa  58.9  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  22.54 
 
 		 656 aa  58.5  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  41.33 
 
 		 615 aa  58.5  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  22.81 
 
 		 443 aa  58.5  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.46 
 
 		 445 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  22.22 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.42 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  23.04 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  25.13 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  24.58 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  27.19 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.28 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  25 
 
 		 1062 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 1075 aa  57  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  25.11 
 
 		 434 aa  57  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  30.28 
 
 		 439 aa  57.4  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.23 
 
 		 277 aa  56.6  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  26.98 
 
 		 469 aa  57  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  23.94 
 
 		 445 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  30.51 
 
 		 442 aa  56.6  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1063 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1075 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  27.1 
 
 		 432 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  32.76 
 
 		 440 aa  57  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  25.98 
 
 		 435 aa  56.2  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35.19 
 
 		 1074 aa  56.2  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.77 
 
 		 512 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  46.55 
 
 		 499 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  25.46 
 
 		 976 aa  56.6  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1089 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1075 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.04 
 
 		 442 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  25.21 
 
 		 448 aa  56.2  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1089 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  22.28 
 
 		 451 aa  56.6  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  25 
 
 		 1062 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  22.78 
 
 		 419 aa  56.2  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  27.1 
 
 		 432 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  24.39 
 
 		 457 aa  56.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 1080 aa  56.2  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>