292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0197 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  100 
 
 		 2413 aa  4979    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  79.05 
 
 		 722 aa  884    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  26.22 
 
 		 2497 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  26.62 
 
 		 2513 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  25.42 
 
 		 2762 aa  419  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 3333 aa  333  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  22.83 
 
 		 2075 aa  265  8e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 		 2283 aa  238  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  25.54 
 
 		 2401 aa  234  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  32.92 
 
 		 2416 aa  230  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  25.14 
 
 		 2437 aa  227  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 		 2402 aa  226  6e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  32.16 
 
 		 2428 aa  205  9e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  28.78 
 
 		 2448 aa  202  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1834 aa  179  7e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.72 
 
 		 2094 aa  165  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  24.49 
 
 		 2017 aa  154  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  22.54 
 
 		 1517 aa  144  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  28.61 
 
 		 1854 aa  133  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  24.34 
 
 		 2145 aa  126  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  23.34 
 
 		 1352 aa  111  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  36.14 
 
 		 2165 aa  108  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  27.87 
 
 		 622 aa  107  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  24.37 
 
 		 1976 aa  106  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  30.38 
 
 		 583 aa  106  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.12 
 
 		 482 aa  105  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.09 
 
 		 2096 aa  104  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  24.04 
 
 		 2076 aa  103  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  28.69 
 
 		 628 aa  102  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  28.72 
 
 		 474 aa  102  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  22.13 
 
 		 2149 aa  98.2  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.52 
 
 		 1271 aa  97.8  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.59 
 
 		 927 aa  97.4  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  25.47 
 
 		 2290 aa  96.3  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.69 
 
 		 903 aa  92.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.96 
 
 		 2035 aa  91.7  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 690 aa  90.9  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.2 
 
 		 1467 aa  89  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  22.12 
 
 		 2138 aa  88.6  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 3073 aa  87  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  23.8 
 
 		 1140 aa  87  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.39 
 
 		 1381 aa  86.7  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  23.34 
 
 		 889 aa  84.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  25 
 
 		 2225 aa  83.2  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  24.66 
 
 		 2731 aa  83.2  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.54 
 
 		 1917 aa  82.4  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1558  YD repeat-containing protein  23.17 
 
 		 3320 aa  81.3  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.68 
 
 		 3273 aa  81.3  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  23.46 
 
 		 3689 aa  80.9  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  26.89 
 
 		 2117 aa  80.5  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 1959 aa  80.1  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4405  hypothetical protein  41.59 
 
 		 298 aa  80.1  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4266  hypothetical protein  41.59 
 
 		 298 aa  80.1  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6407  YD repeat protein  23.54 
 
 		 2194 aa  80.1  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4180  hypothetical protein  41.59 
 
 		 316 aa  80.1  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  24.37 
 
 		 2221 aa  79.7  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1560  YD repeat-containing protein  22.96 
 
 		 1126 aa  79.7  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.46 
 
 		 3027 aa  79.7  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  21.86 
 
 		 1485 aa  79.7  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 1301 aa  79.3  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  25.8 
 
 		 1599 aa  79  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1240  YD repeat-containing protein  28.63 
 
 		 1328 aa  78.6  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  24.37 
 
 		 2178 aa  78.2  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  23.8 
 
 		 741 aa  77.4  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  23.26 
 
 		 1198 aa  77.4  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.38 
 
 		 1942 aa  77  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  22.76 
 
 		 1572 aa  76.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1255  wall-associated protein  24.94 
 
 		 504 aa  76.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  23.92 
 
 		 2246 aa  76.3  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  25.14 
 
 		 1073 aa  75.9  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  24.41 
 
 		 2224 aa  75.5  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  24.41 
 
 		 2224 aa  75.5  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  24.41 
 
 		 2224 aa  75.5  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  38.33 
 
 		 391 aa  75.5  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  24.58 
 
 		 869 aa  74.7  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  37.29 
 
 		 2494 aa  74.3  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  23.28 
 
 		 678 aa  74.3  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0133  hypothetical protein  36.51 
 
 		 520 aa  73.2  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.800968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  23.9 
 
 		 765 aa  73.2  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  22.85 
 
 		 1577 aa  73.2  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  25.06 
 
 		 2510 aa  72  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  21.68 
 
 		 2032 aa  72  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  59.18 
 
 		 340 aa  72.4  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  23.01 
 
 		 738 aa  71.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.39 
 
 		 1840 aa  71.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  21.85 
 
 		 1433 aa  71.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  23.23 
 
 		 2191 aa  70.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.28 
 
 		 1614 aa  70.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  33.57 
 
 		 554 aa  70.5  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  23.58 
 
 		 920 aa  70.5  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  22.59 
 
 		 2277 aa  70.1  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  23.27 
 
 		 917 aa  70.1  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  26.9 
 
 		 1172 aa  69.7  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  23.88 
 
 		 1147 aa  69.7  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  21.28 
 
 		 2031 aa  69.3  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  20.95 
 
 		 2031 aa  69.3  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3077  hypothetical protein  30.43 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.6 
 
 		 1531 aa  68.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4267  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1562 aa  68.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4406  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1562 aa  68.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>