More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1821 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  100 
 
 		 147 aa  296  6e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  55.17 
 
 		 161 aa  167  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  54.29 
 
 		 158 aa  150  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 161 aa  141  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 156 aa  83.6  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 164 aa  80.1  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 173 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  30.71 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  31.25 
 
 		 164 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1331  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 149 aa  62  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  32.74 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 171 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 165 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  29.69 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  30.08 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1816  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 160 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.927572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  27.13 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  26.72 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  27.41 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30420  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147448  normal  0.274535 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  28.79 
 
 		 165 aa  57  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  27.42 
 
 		 167 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 148 aa  57  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.79 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.79 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.79 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1279  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  30.83 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0914  transcriptional regulator, MarR family  29.51 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  26.67 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  26.81 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  35 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  30.84 
 
 		 170 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18710  transcriptional regulator, MarR family  38.03 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.332753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 166 aa  53.9  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  29.29 
 
 		 140 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5432  transcriptional regulator, MarR family  33.01 
 
 		 157 aa  53.5  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.933752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0201  transcriptional regulator, MarR family  33.01 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000347267  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2620  transcriptional regulator, MarR family  36.49 
 
 		 165 aa  53.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454878  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1419  transcriptional regulator, MarR family  36 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000012413  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  30.4 
 
 		 178 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  34 
 
 		 170 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 161 aa  53.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1236  transcriptional regulator, TrmB  43.48 
 
 		 153 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.475364 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0953  transcriptional regulator, MarR family  37.27 
 
 		 144 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 		 165 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 158 aa  53.1  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  28.06 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  28.97 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2250  transcriptional regulator, MarR family  30.07 
 
 		 166 aa  52.4  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.4153  hitchhiker  0.000614739 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  36.36 
 
 		 191 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  29.66 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 167 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1129  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 144 aa  52  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014042  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  31.31 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3272  MarR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0456  MarR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  30.77 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2954  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 155 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6435  transcriptional regulator, MarR family  29.32 
 
 		 178 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0109  MarR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  23.97 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2214  MarR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 159 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7614  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.647741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 161 aa  51.2  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>