More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1477 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 407 aa  828    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  77.67 
 
 		 403 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  73.11 
 
 		 404 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  56.93 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  54 
 
 		 406 aa  413  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  51.01 
 
 		 411 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  53.45 
 
 		 403 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 400 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 403 aa  143  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  40.4 
 
 		 411 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 395 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  37 
 
 		 416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  33.48 
 
 		 435 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 718 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 628 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 591 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  33.16 
 
 		 624 aa  123  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 386 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3875  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 		 320 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 631 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 384 aa  119  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.37 
 
 		 896 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.33 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  31.66 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  37.63 
 
 		 536 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.16 
 
 		 1073 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 722 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 408 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  26.72 
 
 		 391 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  26.72 
 
 		 391 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 472 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 758 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 866 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 641 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  38.36 
 
 		 482 aa  117  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.87 
 
 		 781 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 570 aa  116  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 354 aa  116  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 517 aa  116  6e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.31 
 
 		 457 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 327 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 467 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 388 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 322 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 484 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 466 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  29.41 
 
 		 400 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 542 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 578 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  41.77 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 642 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.46 
 
 		 502 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  35.16 
 
 		 588 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 552 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  37.7 
 
 		 393 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 628 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  29 
 
 		 564 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 569 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>