More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4159 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  100 
 
 		 530 aa  1017    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2011  diguanylate cyclase  40.06 
 
 		 558 aa  187  3e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0457364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0178  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 521 aa  144  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.776824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 546 aa  140  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 551 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  44.63 
 
 		 609 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  43.02 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 355 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 352 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 563 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  29.55 
 
 		 568 aa  124  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 285 aa  123  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 355 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.12 
 
 		 425 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 772 aa  120  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 306 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 696 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 381 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 354 aa  117  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 355 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 447 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 352 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.62 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 388 aa  115  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  38 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 351 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 464 aa  114  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  32.82 
 
 		 626 aa  114  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 373 aa  114  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 555 aa  114  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 307 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 584 aa  113  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 353 aa  113  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 532 aa  113  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 866 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 452 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 513 aa  112  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 1195 aa  111  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 443 aa  111  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 339 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 332 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 432 aa  111  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 627 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  41.72 
 
 		 305 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 353 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.56 
 
 		 461 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 308 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.71 
 
 		 565 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  38.12 
 
 		 976 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 532 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 		 337 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 302 aa  110  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 347 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.33 
 
 		 418 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  29.52 
 
 		 527 aa  109  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 768 aa  109  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 627 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  38.27 
 
 		 461 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  29.96 
 
 		 600 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  39.16 
 
 		 690 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38.27 
 
 		 456 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 583 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  40.78 
 
 		 454 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.54 
 
 		 443 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  35.11 
 
 		 946 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 505 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  38.54 
 
 		 306 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 464 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 516 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1636  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 465 aa  108  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 307 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  41.82 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 794 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 540 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 263 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  35.96 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 492 aa  107  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 312 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 642 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.61 
 
 		 668 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.71 
 
 		 455 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 796 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  40.12 
 
 		 308 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 661 aa  107  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 340 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 351 aa  107  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 495 aa  107  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 422 aa  107  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>