More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5469 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  74.26 
 
 		 211 aa  310  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  41.44 
 
 		 262 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 197 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  40.21 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  36.87 
 
 		 222 aa  134  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  41.24 
 
 		 201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  35.42 
 
 		 208 aa  126  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 209 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  37.91 
 
 		 208 aa  123  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 252 aa  122  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  31.58 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 207 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 276 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  30.62 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  34.09 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 203 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  31.67 
 
 		 198 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  32.22 
 
 		 199 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 150 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 211 aa  88.6  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.72 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.94 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.94 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.43 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.99 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.41 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  27.57 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 199 aa  72  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  27.55 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  25.89 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  28.26 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 		 269 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.1 
 
 		 503 aa  68.2  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 		 180 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  25.53 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  26.39 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 219 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  26.63 
 
 		 186 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  26.9 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  26.88 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>