117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5663 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  98.61 
 
 		 577 aa  1138    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  100 
 
 		 577 aa  1153    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  53.29 
 
 		 559 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  49.92 
 
 		 878 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  58.35 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  58.35 
 
 		 888 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.35 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.35 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.35 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.35 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  36.16 
 
 		 566 aa  280  5e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  32.5 
 
 		 564 aa  270  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  34.89 
 
 		 556 aa  259  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  29.22 
 
 		 569 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  29.13 
 
 		 545 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  29.8 
 
 		 578 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  34.07 
 
 		 530 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  28.99 
 
 		 554 aa  196  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  28.52 
 
 		 560 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  28.16 
 
 		 551 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  26.37 
 
 		 568 aa  146  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  28.55 
 
 		 561 aa  137  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  28.45 
 
 		 561 aa  135  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  27.27 
 
 		 563 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  27.27 
 
 		 563 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  26.42 
 
 		 586 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  22.7 
 
 		 547 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  29.92 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  28.64 
 
 		 536 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  25.06 
 
 		 596 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  27.03 
 
 		 512 aa  83.6  0.000000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  24.82 
 
 		 546 aa  79.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  23.24 
 
 		 540 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  23.18 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  23.31 
 
 		 543 aa  75.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  21.84 
 
 		 600 aa  75.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.65 
 
 		 577 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25 
 
 		 572 aa  74.7  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  23.17 
 
 		 598 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  24.68 
 
 		 530 aa  73.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  24.19 
 
 		 508 aa  72.4  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  25 
 
 		 544 aa  70.9  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  23.87 
 
 		 554 aa  70.5  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.41 
 
 		 558 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  25.47 
 
 		 559 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.35 
 
 		 581 aa  68.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  25.27 
 
 		 470 aa  68.2  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  26.64 
 
 		 560 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  23.31 
 
 		 625 aa  67.8  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  27.23 
 
 		 470 aa  68.2  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.52 
 
 		 562 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  22.87 
 
 		 569 aa  67  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  25.53 
 
 		 470 aa  66.6  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  27.5 
 
 		 609 aa  65.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.55 
 
 		 561 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.55 
 
 		 561 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.55 
 
 		 561 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.46 
 
 		 567 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.91 
 
 		 559 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.91 
 
 		 559 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  27.64 
 
 		 539 aa  64.7  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.9 
 
 		 538 aa  64.3  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  25.35 
 
 		 614 aa  64.3  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  24.66 
 
 		 833 aa  63.9  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.83 
 
 		 563 aa  63.9  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.56 
 
 		 559 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.56 
 
 		 559 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  28.15 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.53 
 
 		 556 aa  62  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.99 
 
 		 574 aa  62  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  28.51 
 
 		 561 aa  62  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.73 
 
 		 556 aa  61.6  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  25.71 
 
 		 546 aa  60.8  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  26.42 
 
 		 463 aa  60.8  0.00000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  23.82 
 
 		 585 aa  60.1  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  23.5 
 
 		 549 aa  59.3  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  23.88 
 
 		 819 aa  59.3  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.34 
 
 		 550 aa  58.2  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  27.1 
 
 		 803 aa  57.8  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  27.46 
 
 		 801 aa  56.6  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  25.1 
 
 		 767 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.9 
 
 		 506 aa  56.2  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0356  toxin co-regulated pilus biosynthesis outer membrane protein C  22.84 
 
 		 489 aa  55.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.903554  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  24.4 
 
 		 537 aa  55.1  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  30.77 
 
 		 594 aa  54.3  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.28 
 
 		 874 aa  53.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  24.29 
 
 		 805 aa  52.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  23.17 
 
 		 779 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  24.3 
 
 		 733 aa  50.4  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0725  Type II secretory pathway component PulD-like  24.16 
 
 		 488 aa  50.4  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0680594  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  37.5 
 
 		 693 aa  50.4  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  24.32 
 
 		 569 aa  49.3  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  20.16 
 
 		 563 aa  49.7  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  20.57 
 
 		 681 aa  48.9  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  20.57 
 
 		 681 aa  48.9  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  23.57 
 
 		 803 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  20.57 
 
 		 681 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  23.36 
 
 		 547 aa  47.8  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  26.43 
 
 		 780 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  21.86 
 
 		 660 aa  47.8  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>