78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1533 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1533  PilN  100 
 
 		 563 aa  1139    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  100 
 
 		 563 aa  1139    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  56.44 
 
 		 561 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  56.94 
 
 		 561 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.33 
 
 		 559 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  29.39 
 
 		 566 aa  146  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.03 
 
 		 577 aa  136  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  27.74 
 
 		 878 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.39 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.39 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.39 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  27.39 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.39 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  27.39 
 
 		 888 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  26.41 
 
 		 577 aa  130  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  27.34 
 
 		 556 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  24.91 
 
 		 554 aa  124  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  25.34 
 
 		 564 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  26.29 
 
 		 560 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.13 
 
 		 530 aa  107  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  28.36 
 
 		 569 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  28.36 
 
 		 545 aa  103  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  25.1 
 
 		 578 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2725  Type II secretory pathway component PulD-like protein  28.63 
 
 		 566 aa  85.9  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  28.12 
 
 		 551 aa  84.7  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  26.43 
 
 		 586 aa  79  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  22.24 
 
 		 568 aa  75.1  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  27.41 
 
 		 508 aa  70.9  0.00000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  23.53 
 
 		 596 aa  70.1  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.87 
 
 		 819 aa  63.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.23 
 
 		 506 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  25.58 
 
 		 534 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  26.29 
 
 		 540 aa  57.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.19 
 
 		 556 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  25.93 
 
 		 751 aa  54.7  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  24.25 
 
 		 536 aa  54.7  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.88 
 
 		 562 aa  54.7  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  30.3 
 
 		 512 aa  53.5  0.000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.67 
 
 		 506 aa  52.4  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0356  toxin co-regulated pilus biosynthesis outer membrane protein C  24.15 
 
 		 489 aa  52  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.903554  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.46 
 
 		 538 aa  51.6  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  23.75 
 
 		 559 aa  51.2  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.87 
 
 		 558 aa  50.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.77 
 
 		 559 aa  50.4  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  24.45 
 
 		 547 aa  50.4  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.77 
 
 		 559 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  25.75 
 
 		 745 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  29.06 
 
 		 463 aa  48.9  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  25.15 
 
 		 775 aa  48.5  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  26.61 
 
 		 780 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.27 
 
 		 563 aa  48.5  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1729  type II and III secretion system protein  24.79 
 
 		 673 aa  48.5  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.514108  normal  0.0788393 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  22.26 
 
 		 544 aa  48.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  33.75 
 
 		 470 aa  47.8  0.0005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  26.39 
 
 		 763 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.97 
 
 		 559 aa  47.8  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  23.19 
 
 		 549 aa  47.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  33.75 
 
 		 470 aa  47.8  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.97 
 
 		 559 aa  47.8  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  25.15 
 
 		 775 aa  47.4  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.68 
 
 		 567 aa  47.4  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  23.29 
 
 		 530 aa  47.4  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4700  hypothetical protein  33.33 
 
 		 492 aa  47.4  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.41 
 
 		 563 aa  47.4  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  25.61 
 
 		 561 aa  47  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.79 
 
 		 776 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  21.04 
 
 		 598 aa  47  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  24.69 
 
 		 569 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  24.66 
 
 		 546 aa  45.8  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.36 
 
 		 561 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.36 
 
 		 561 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.36 
 
 		 561 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  23.3 
 
 		 470 aa  45.1  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  29.36 
 
 		 614 aa  44.7  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  23.36 
 
 		 560 aa  45.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  32.05 
 
 		 585 aa  44.7  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  24.51 
 
 		 600 aa  43.9  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  32.24 
 
 		 784 aa  43.5  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>