33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6294 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  100 
 
 		 600 aa  1213    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  45.53 
 
 		 596 aa  445  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  39.49 
 
 		 598 aa  379  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  24.75 
 
 		 540 aa  133  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  25.23 
 
 		 534 aa  122  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  26.18 
 
 		 536 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.15 
 
 		 569 aa  107  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  25.15 
 
 		 545 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  24.58 
 
 		 586 aa  92.8  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  24.67 
 
 		 554 aa  90.1  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.43 
 
 		 530 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  25.3 
 
 		 560 aa  81.6  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  23.32 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.32 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.32 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.32 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.32 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  23.32 
 
 		 888 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  23.27 
 
 		 564 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  23.19 
 
 		 878 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  22.62 
 
 		 577 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  24.58 
 
 		 547 aa  70.9  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  21.62 
 
 		 577 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.17 
 
 		 559 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  23.25 
 
 		 566 aa  64.7  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4249  hypothetical protein  26.95 
 
 		 483 aa  63.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  22.66 
 
 		 578 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  24.56 
 
 		 556 aa  60.8  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  22.93 
 
 		 551 aa  60.8  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  22.39 
 
 		 568 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  23.19 
 
 		 561 aa  53.5  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  23.85 
 
 		 561 aa  51.2  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  25.66 
 
 		 581 aa  44.7  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>