More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0109 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 547 aa  1074    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  32.01 
 
 		 546 aa  253  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  28.52 
 
 		 569 aa  240  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  34.51 
 
 		 625 aa  231  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.58 
 
 		 830 aa  224  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  31.58 
 
 		 581 aa  220  5e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  31.81 
 
 		 594 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  29.85 
 
 		 539 aa  213  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  26.48 
 
 		 500 aa  212  1e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  30.66 
 
 		 537 aa  180  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.3 
 
 		 577 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.4 
 
 		 572 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  34.12 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  34.12 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 554 aa  159  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.33 
 
 		 556 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.63 
 
 		 558 aa  157  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.82 
 
 		 561 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  27.13 
 
 		 530 aa  156  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  34.23 
 
 		 560 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  27.88 
 
 		 543 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  29.37 
 
 		 549 aa  154  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.93 
 
 		 559 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.23 
 
 		 550 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  32.84 
 
 		 561 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.26 
 
 		 562 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.93 
 
 		 559 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.24 
 
 		 567 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  31.56 
 
 		 546 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.07 
 
 		 563 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.63 
 
 		 559 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.63 
 
 		 559 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.55 
 
 		 556 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  27.44 
 
 		 544 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  29.01 
 
 		 569 aa  147  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 512 aa  144  4e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.83 
 
 		 538 aa  141  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.32 
 
 		 506 aa  140  7e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  29.68 
 
 		 559 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.18 
 
 		 508 aa  139  2e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  26.69 
 
 		 585 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  25.69 
 
 		 614 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  24.43 
 
 		 541 aa  120  7e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.13 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  22.47 
 
 		 470 aa  115  3e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  22.19 
 
 		 470 aa  113  9e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  22.19 
 
 		 470 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  22.68 
 
 		 563 aa  107  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.57 
 
 		 574 aa  106  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  20.61 
 
 		 463 aa  106  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.22 
 
 		 702 aa  96.3  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.31 
 
 		 736 aa  95.1  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  29.5 
 
 		 829 aa  95.1  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 777 aa  93.6  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 771 aa  93.2  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  27.89 
 
 		 797 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  26.14 
 
 		 740 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.37 
 
 		 781 aa  91.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  28.89 
 
 		 738 aa  91.3  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 750 aa  91.3  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.9  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  29.54 
 
 		 775 aa  90.5  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 		 744 aa  90.5  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  29.35 
 
 		 757 aa  90.5  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  29.63 
 
 		 781 aa  90.1  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  26.94 
 
 		 810 aa  90.1  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.37 
 
 		 781 aa  89.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 780 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  28.81 
 
 		 794 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  28.14 
 
 		 670 aa  89.4  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.71 
 
 		 747 aa  87.8  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  29.21 
 
 		 774 aa  87.4  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  29.21 
 
 		 774 aa  87.4  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  27.34 
 
 		 787 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  27.51 
 
 		 791 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  28.27 
 
 		 783 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  27.62 
 
 		 793 aa  84  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 819 aa  84.3  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  26.04 
 
 		 803 aa  83.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  29 
 
 		 751 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  25.17 
 
 		 787 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  29.95 
 
 		 814 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  27.24 
 
 		 767 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  28.28 
 
 		 753 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  27.05 
 
 		 780 aa  81.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  26.32 
 
 		 803 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28.03 
 
 		 751 aa  81.6  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 		 728 aa  81.3  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  30.65 
 
 		 703 aa  80.5  0.00000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  27.65 
 
 		 745 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  29.17 
 
 		 833 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  28.85 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  27.12 
 
 		 717 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  27.24 
 
 		 413 aa  78.6  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  25.39 
 
 		 668 aa  78.6  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  25.58 
 
 		 474 aa  78.6  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>