130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1517 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  100 
 
 
578 aa  1158    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  50.35 
 
 
569 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  50.45 
 
 
545 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  38.89 
 
 
564 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  32.82 
 
 
559 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  32.42 
 
 
560 aa  236  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  30.16 
 
 
530 aa  228  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  32.6 
 
 
577 aa  225  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  34.58 
 
 
888 aa  223  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  34.34 
 
 
878 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  30.4 
 
 
554 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  34.08 
 
 
590 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  34.08 
 
 
590 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  34.08 
 
 
590 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  34.08 
 
 
590 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  34.08 
 
 
590 aa  221  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  29.42 
 
 
577 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  29.44 
 
 
568 aa  207  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  30.65 
 
 
566 aa  206  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  29.9 
 
 
556 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  25.79 
 
 
551 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  24.4 
 
 
547 aa  137  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  25.38 
 
 
561 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  25.48 
 
 
561 aa  108  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2725  Type II secretory pathway component PulD-like protein  20.67 
 
 
566 aa  97.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  25.26 
 
 
563 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  25.26 
 
 
563 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  24.66 
 
 
586 aa  95.9  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  25.62 
 
 
534 aa  91.3  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  23.11 
 
 
596 aa  87.4  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  25.19 
 
 
540 aa  85.9  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  25.67 
 
 
536 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.99 
 
 
556 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  25.25 
 
 
543 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.35 
 
 
572 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.49 
 
 
562 aa  72  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.32 
 
 
577 aa  71.2  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  23.15 
 
 
563 aa  71.2  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  27.43 
 
 
581 aa  70.5  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.05 
 
 
538 aa  70.5  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.57 
 
 
567 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  23.93 
 
 
585 aa  69.7  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.32 
 
 
559 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.32 
 
 
559 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.58 
 
 
550 aa  69.3  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  23.57 
 
 
537 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  23.08 
 
 
554 aa  66.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  21.2 
 
 
559 aa  67  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  22.04 
 
 
560 aa  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  22.68 
 
 
549 aa  66.2  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.29 
 
 
561 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.29 
 
 
561 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.33 
 
 
830 aa  65.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.29 
 
 
561 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  23.23 
 
 
598 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.04 
 
 
563 aa  65.1  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  23.62 
 
 
512 aa  63.5  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.56 
 
 
558 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4402  type II and III secretion system protein  20.07 
 
 
622 aa  62.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  21.97 
 
 
609 aa  62  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  25.33 
 
 
539 aa  62  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.48 
 
 
556 aa  61.6  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  23 
 
 
625 aa  61.6  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  24.6 
 
 
614 aa  61.6  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  23.55 
 
 
667 aa  61.2  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  26.42 
 
 
569 aa  61.2  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.04 
 
 
559 aa  61.2  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.04 
 
 
559 aa  61.2  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  26.32 
 
 
660 aa  60.8  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  22.57 
 
 
546 aa  60.8  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  23.19 
 
 
614 aa  60.8  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  23.83 
 
 
463 aa  60.1  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  24.32 
 
 
561 aa  60.1  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  21.53 
 
 
600 aa  59.3  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  24.61 
 
 
508 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  25.26 
 
 
751 aa  58.9  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4700  hypothetical protein  22.8 
 
 
492 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  24.91 
 
 
733 aa  57.8  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  21.98 
 
 
470 aa  57  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.54 
 
 
506 aa  56.6  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  21.48 
 
 
470 aa  55.8  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  24.13 
 
 
693 aa  55.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0356  toxin co-regulated pilus biosynthesis outer membrane protein C  20.46 
 
 
489 aa  55.1  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.903554  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  26.52 
 
 
621 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  26.84 
 
 
621 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  21.63 
 
 
506 aa  53.9  0.000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  26.11 
 
 
625 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  21.23 
 
 
470 aa  53.9  0.000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  26.52 
 
 
621 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  22.46 
 
 
482 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  24.56 
 
 
819 aa  53.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  22.64 
 
 
833 aa  52.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4403  Type II secretory pathway component PulD-like  19.44 
 
 
475 aa  52.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  22.66 
 
 
546 aa  52.8  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  23.59 
 
 
712 aa  52.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>