46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5437 on replicon NC_012851
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_5031  PilN  99.29 
 
 		 561 aa  1123    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  100 
 
 		 561 aa  1129    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  56.94 
 
 		 563 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  56.94 
 
 		 563 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  28.45 
 
 		 559 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  30.45 
 
 		 878 aa  146  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.99 
 
 		 590 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.99 
 
 		 590 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.99 
 
 		 590 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  27.99 
 
 		 590 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.99 
 
 		 590 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  27.99 
 
 		 888 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.61 
 
 		 577 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.04 
 
 		 577 aa  135  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  27.29 
 
 		 566 aa  134  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  24.61 
 
 		 554 aa  126  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  26.79 
 
 		 556 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  25.75 
 
 		 560 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.6 
 
 		 530 aa  114  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  27.18 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  27.18 
 
 		 545 aa  107  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  25.94 
 
 		 578 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  26.51 
 
 		 564 aa  91.3  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2725  Type II secretory pathway component PulD-like protein  24.87 
 
 		 566 aa  90.1  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  22.55 
 
 		 568 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  24.94 
 
 		 551 aa  79.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  23.79 
 
 		 586 aa  68.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.09 
 
 		 819 aa  67.8  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  25.25 
 
 		 596 aa  67.4  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  25.09 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.51 
 
 		 538 aa  54.7  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  24.17 
 
 		 413 aa  52  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  23.21 
 
 		 598 aa  50.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28 
 
 		 751 aa  50.4  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  24.9 
 
 		 536 aa  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  23.87 
 
 		 463 aa  50.1  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4700  hypothetical protein  32.2 
 
 		 492 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  24.35 
 
 		 508 aa  48.5  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  24.3 
 
 		 600 aa  48.5  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  24.6 
 
 		 534 aa  47.8  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1729  type II and III secretion system protein  24.16 
 
 		 673 aa  47.8  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.514108  normal  0.0788393 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0356  toxin co-regulated pilus biosynthesis outer membrane protein C  23.62 
 
 		 489 aa  46.6  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.903554  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  23.56 
 
 		 775 aa  46.2  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  24.67 
 
 		 506 aa  45.8  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  23.56 
 
 		 775 aa  45.1  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  29.23 
 
 		 614 aa  45.4  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>