39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6564 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  100 
 
 		 536 aa  1088    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  88.99 
 
 		 534 aa  921    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  29.97 
 
 		 586 aa  119  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  29.38 
 
 		 559 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  26.56 
 
 		 566 aa  109  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  26 
 
 		 577 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  28.4 
 
 		 577 aa  107  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  24.73 
 
 		 596 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  27.46 
 
 		 564 aa  102  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  24.51 
 
 		 556 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  24.06 
 
 		 540 aa  97.8  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  25.29 
 
 		 600 aa  96.7  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  26.54 
 
 		 568 aa  94.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.9 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.9 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  25.9 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.9 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.9 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  25.9 
 
 		 888 aa  91.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  25.69 
 
 		 560 aa  90.5  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  25.77 
 
 		 878 aa  89.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.65 
 
 		 530 aa  89.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.14 
 
 		 569 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  25.14 
 
 		 545 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  25.42 
 
 		 578 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  25.6 
 
 		 598 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  21.19 
 
 		 554 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  23.73 
 
 		 551 aa  57.8  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  24.9 
 
 		 561 aa  50.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  24.9 
 
 		 561 aa  50.8  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2725  Type II secretory pathway component PulD-like protein  24.64 
 
 		 566 aa  50.4  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4249  hypothetical protein  22.28 
 
 		 483 aa  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  25.19 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  25.19 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  23.94 
 
 		 470 aa  48.5  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  23.2 
 
 		 470 aa  47  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  23.67 
 
 		 470 aa  46.6  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  22.46 
 
 		 585 aa  46.2  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  22.19 
 
 		 547 aa  45.1  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>