More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3332 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 614 aa  1237    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  49.45 
 
 		 554 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  44.8 
 
 		 585 aa  452  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  44.19 
 
 		 577 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  40.94 
 
 		 537 aa  358  9.999999999999999e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  39.44 
 
 		 546 aa  344  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  36.38 
 
 		 561 aa  342  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  36.3 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37 
 
 		 562 aa  339  9e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.23 
 
 		 563 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  37.06 
 
 		 544 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.33 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.33 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.13 
 
 		 561 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  36.02 
 
 		 569 aa  337  5e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.46 
 
 		 567 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  37.11 
 
 		 530 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.98 
 
 		 559 aa  334  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.18 
 
 		 559 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.18 
 
 		 559 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.05 
 
 		 556 aa  333  6e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.88 
 
 		 556 aa  332  9e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  37.04 
 
 		 549 aa  332  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  38.4 
 
 		 560 aa  330  4e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.6 
 
 		 559 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  36.33 
 
 		 559 aa  329  9e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.7 
 
 		 550 aa  328  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.31 
 
 		 572 aa  325  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.3 
 
 		 558 aa  325  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  36.17 
 
 		 609 aa  318  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  33.67 
 
 		 538 aa  301  3e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.4 
 
 		 830 aa  168  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  25.99 
 
 		 581 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.51 
 
 		 508 aa  157  7e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  26.22 
 
 		 625 aa  156  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  25.32 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  26.66 
 
 		 546 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  26.84 
 
 		 541 aa  152  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  24.62 
 
 		 506 aa  151  4e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  24.46 
 
 		 539 aa  150  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.17 
 
 		 563 aa  140  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  28.73 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  26.98 
 
 		 547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.03 
 
 		 506 aa  134  6.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  25.11 
 
 		 463 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  27.41 
 
 		 594 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  22.42 
 
 		 470 aa  121  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  22.2 
 
 		 470 aa  120  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  22.65 
 
 		 470 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.64 
 
 		 574 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 		 751 aa  111  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  27.7 
 
 		 689 aa  107  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  25.29 
 
 		 660 aa  105  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 681 aa  105  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  29.21 
 
 		 736 aa  103  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.46 
 
 		 696 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  29.34 
 
 		 783 aa  102  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.84 
 
 		 675 aa  100  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  26.57 
 
 		 745 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 787 aa  100  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.2 
 
 		 672 aa  99  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  25.88 
 
 		 829 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  28.62 
 
 		 492 aa  98.6  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.8 
 
 		 781 aa  98.6  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.49 
 
 		 805 aa  98.2  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  29.76 
 
 		 702 aa  98.2  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.53 
 
 		 810 aa  97.8  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  28.31 
 
 		 482 aa  97.8  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.2 
 
 		 738 aa  97.8  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.8 
 
 		 781 aa  97.1  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 740 aa  97.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  24.32 
 
 		 527 aa  95.9  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  28.57 
 
 		 803 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 658 aa  94.4  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  27.25 
 
 		 753 aa  94.4  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 783 aa  93.6  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  28.91 
 
 		 650 aa  93.6  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.9 
 
 		 697 aa  93.2  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  27 
 
 		 789 aa  93.2  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  29.7 
 
 		 728 aa  93.2  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  26.45 
 
 		 716 aa  92.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.6 
 
 		 747 aa  92.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 		 686 aa  92.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  26.19 
 
 		 703 aa  91.7  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 		 641 aa  92  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  28.79 
 
 		 705 aa  92  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  27.94 
 
 		 793 aa  92  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 670 aa  91.7  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  25 
 
 		 819 aa  91.7  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4402  type II and III secretion system protein  28.48 
 
 		 622 aa  91.7  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  29.07 
 
 		 803 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 		 640 aa  90.5  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  24.7 
 
 		 712 aa  90.5  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 		 635 aa  90.5  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  28.09 
 
 		 750 aa  89.7  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>