More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4112 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.96 
 
 		 558 aa  919    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  100 
 
 		 560 aa  1140    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.91 
 
 		 563 aa  833    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.61 
 
 		 559 aa  910    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  77.32 
 
 		 567 aa  842    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.04 
 
 		 562 aa  829    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  72.16 
 
 		 561 aa  780    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.87 
 
 		 556 aa  825    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  74.29 
 
 		 549 aa  797    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  93.58 
 
 		 561 aa  978    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.61 
 
 		 559 aa  910    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  93.94 
 
 		 561 aa  979    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.96 
 
 		 559 aa  913    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  94.12 
 
 		 561 aa  982    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  86.61 
 
 		 559 aa  910    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.39 
 
 		 556 aa  842    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  53.72 
 
 		 609 aa  534  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  50.18 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  47.94 
 
 		 544 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.27 
 
 		 550 aa  498  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  50.19 
 
 		 530 aa  501  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  49.65 
 
 		 559 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  45.71 
 
 		 569 aa  460  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  45.59 
 
 		 537 aa  403  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  43.91 
 
 		 543 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  43.15 
 
 		 572 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  37.55 
 
 		 554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  35.64 
 
 		 614 aa  332  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.01 
 
 		 538 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38 
 
 		 577 aa  316  8e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  36.87 
 
 		 585 aa  297  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  28.51 
 
 		 625 aa  189  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.81 
 
 		 506 aa  162  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  29.55 
 
 		 547 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  26.72 
 
 		 594 aa  158  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  28.46 
 
 		 546 aa  157  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.96 
 
 		 830 aa  156  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  28.93 
 
 		 512 aa  154  5.9999999999999996e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  30.09 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  25.74 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  27.65 
 
 		 541 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  28.67 
 
 		 563 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  24 
 
 		 470 aa  144  4e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  23.86 
 
 		 470 aa  144  5e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  24.1 
 
 		 470 aa  144  6e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  25.52 
 
 		 581 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  26.5 
 
 		 569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.85 
 
 		 574 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29 
 
 		 506 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.54 
 
 		 463 aa  130  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.49 
 
 		 810 aa  115  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 781 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.94 
 
 		 686 aa  114  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.23 
 
 		 641 aa  114  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.04 
 
 		 781 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  24.9 
 
 		 726 aa  112  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  27.81 
 
 		 716 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.69 
 
 		 763 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  29.46 
 
 		 797 aa  110  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.79 
 
 		 819 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 		 794 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  29.07 
 
 		 740 aa  107  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 738 aa  107  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.85 
 
 		 697 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  26.74 
 
 		 675 aa  104  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  28.83 
 
 		 662 aa  103  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.79 
 
 		 776 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  28.2 
 
 		 712 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  29.71 
 
 		 787 aa  103  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  28.25 
 
 		 752 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  29.29 
 
 		 710 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.01 
 
 		 751 aa  101  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  31.8 
 
 		 706 aa  101  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.35 
 
 		 747 aa  101  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  23.68 
 
 		 500 aa  100  6e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  32.87 
 
 		 829 aa  100  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.21 
 
 		 736 aa  100  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.75 
 
 		 745 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  23.52 
 
 		 527 aa  99  2e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.92 
 
 		 702 aa  98.6  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  30.14 
 
 		 423 aa  99  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.55 
 
 		 696 aa  98.6  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.8 
 
 		 805 aa  98.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  28.15 
 
 		 771 aa  98.2  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  30.42 
 
 		 696 aa  98.6  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  28.15 
 
 		 777 aa  98.6  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  29.37 
 
 		 696 aa  97.8  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  28.09 
 
 		 807 aa  98.2  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  26.01 
 
 		 724 aa  97.8  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  27.53 
 
 		 658 aa  97.8  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  30.64 
 
 		 915 aa  97.8  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  28.15 
 
 		 546 aa  97.4  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  25.52 
 
 		 729 aa  97.4  6e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  25.5 
 
 		 686 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  25.5 
 
 		 686 aa  97.4  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  25.5 
 
 		 686 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  25.21 
 
 		 686 aa  97.1  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  28.47 
 
 		 670 aa  97.1  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.14 
 
 		 804 aa  96.7  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  27.65 
 
 		 635 aa  96.7  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>