37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4759 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  100 
 
 		 596 aa  1197    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  48.63 
 
 		 598 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  45.58 
 
 		 600 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  25.74 
 
 		 540 aa  147  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  26.77 
 
 		 551 aa  124  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  25.09 
 
 		 586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  25.2 
 
 		 536 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  26.21 
 
 		 534 aa  110  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  26.6 
 
 		 554 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  26.76 
 
 		 559 aa  103  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  24.92 
 
 		 556 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  24.42 
 
 		 888 aa  98.2  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  24.34 
 
 		 878 aa  97.8  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  24 
 
 		 577 aa  97.4  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  22.86 
 
 		 569 aa  97.1  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.65 
 
 		 590 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  24.65 
 
 		 590 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.76 
 
 		 590 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.65 
 
 		 590 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.65 
 
 		 590 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  23.32 
 
 		 545 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  24.77 
 
 		 566 aa  93.2  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  23.21 
 
 		 577 aa  92.4  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  23.92 
 
 		 560 aa  90.5  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  23.83 
 
 		 578 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  22.84 
 
 		 564 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.45 
 
 		 530 aa  74.7  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  27.18 
 
 		 561 aa  73.6  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  27.18 
 
 		 561 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  25.27 
 
 		 563 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  25.27 
 
 		 563 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4249  hypothetical protein  24.03 
 
 		 483 aa  65.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  20.07 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  22.5 
 
 		 568 aa  61.2  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  23.33 
 
 		 693 aa  47.4  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  23.62 
 
 		 581 aa  45.8  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.26 
 
 		 556 aa  45.4  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>