More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0549 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  100 
 
 		 581 aa  1169    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  45.12 
 
 		 539 aa  426  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  44.34 
 
 		 594 aa  382  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  39.56 
 
 		 546 aa  363  5.0000000000000005e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.17 
 
 		 830 aa  348  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  38.91 
 
 		 569 aa  345  1e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  41.05 
 
 		 625 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  33.2 
 
 		 547 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  29.3 
 
 		 537 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  25.25 
 
 		 500 aa  177  4e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.89 
 
 		 538 aa  169  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.65 
 
 		 577 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  25.64 
 
 		 614 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  25.85 
 
 		 585 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.03 
 
 		 572 aa  143  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.69 
 
 		 556 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  32.04 
 
 		 470 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  31.72 
 
 		 470 aa  137  4e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  31.72 
 
 		 470 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.75 
 
 		 561 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.79 
 
 		 559 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  31.75 
 
 		 560 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.79 
 
 		 559 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  32.15 
 
 		 549 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  31.82 
 
 		 569 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.43 
 
 		 561 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.43 
 
 		 561 aa  134  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.06 
 
 		 559 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.06 
 
 		 559 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.49 
 
 		 506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.75 
 
 		 556 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.75 
 
 		 558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.23 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  33.33 
 
 		 561 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.34 
 
 		 508 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  30.26 
 
 		 554 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.59 
 
 		 563 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.08 
 
 		 567 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  30.59 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  31.27 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  31.77 
 
 		 506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.45 
 
 		 550 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  32.59 
 
 		 609 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  30.03 
 
 		 559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  31.99 
 
 		 546 aa  120  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  30.31 
 
 		 463 aa  118  3.9999999999999997e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  31.8 
 
 		 779 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  31.94 
 
 		 784 aa  115  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  31.89 
 
 		 774 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  31.96 
 
 		 530 aa  114  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 		 681 aa  114  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  32.85 
 
 		 833 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  29.71 
 
 		 544 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  29.64 
 
 		 733 aa  110  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  25.45 
 
 		 563 aa  109  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  31.91 
 
 		 745 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  32.87 
 
 		 751 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.31 
 
 		 763 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  32.68 
 
 		 819 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 803 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  31.12 
 
 		 780 aa  105  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.43 
 
 		 574 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  31.23 
 
 		 773 aa  103  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  28.27 
 
 		 541 aa  103  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.04 
 
 		 776 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  32.2 
 
 		 767 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 		 829 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 801 aa  102  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  29.03 
 
 		 702 aa  99.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  32.53 
 
 		 686 aa  100  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 781 aa  98.6  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 740 aa  97.8  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  30.59 
 
 		 805 aa  97.1  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.71 
 
 		 810 aa  96.3  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.34 
 
 		 781 aa  95.9  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  24 
 
 		 738 aa  94.7  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  29.53 
 
 		 736 aa  94.4  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  28.61 
 
 		 793 aa  94.4  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  28.83 
 
 		 720 aa  93.6  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  28.83 
 
 		 803 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  28.67 
 
 		 717 aa  92.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  32.13 
 
 		 751 aa  92  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 		 787 aa  91.3  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  27.4 
 
 		 803 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  29.24 
 
 		 703 aa  90.1  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  28.41 
 
 		 783 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 756 aa  89  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 803 aa  88.6  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  29.02 
 
 		 559 aa  88.2  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  29.11 
 
 		 747 aa  88.6  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 793 aa  88.6  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.64 
 
 		 805 aa  87.4  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  24.9 
 
 		 797 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  25.25 
 
 		 775 aa  85.5  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  25.51 
 
 		 775 aa  85.1  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  28.62 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  29.89 
 
 		 772 aa  84.7  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  27.21 
 
 		 753 aa  84.7  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  28.62 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  28.62 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>