More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0379 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  100 
 
 
540 aa  1113    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.65 
 
 
496 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  34.8 
 
 
632 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  32.2 
 
 
428 aa  177  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.43 
 
 
416 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.21 
 
 
701 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.52 
 
 
416 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.78 
 
 
571 aa  159  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.65 
 
 
321 aa  156  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.09 
 
 
1000 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.51 
 
 
638 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33 
 
 
820 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
482 aa  154  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  32.34 
 
 
432 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  33.33 
 
 
422 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.85 
 
 
623 aa  153  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
319 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.94 
 
 
438 aa  152  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.75 
 
 
425 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 
334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3569  sensory box protein  26.36 
 
 
1071 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.7 
 
 
883 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
747 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
302 aa  145  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.11 
 
 
220 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 
769 aa  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  39.46 
 
 
569 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.14 
 
 
418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
574 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.04 
 
 
451 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33 
 
 
564 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.35 
 
 
818 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.81 
 
 
820 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.52 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.62 
 
 
525 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.78 
 
 
718 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  41.04 
 
 
469 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.74 
 
 
525 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
958 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  33.56 
 
 
721 aa  140  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
517 aa  140  8.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  33.01 
 
 
418 aa  139  1e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
1774 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.83 
 
 
328 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 
634 aa  139  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.81 
 
 
637 aa  139  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  41.08 
 
 
318 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.94 
 
 
962 aa  138  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  34.96 
 
 
581 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  28.44 
 
 
420 aa  137  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.74 
 
 
350 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.52 
 
 
626 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.88 
 
 
661 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.83 
 
 
1032 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 
632 aa  137  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  44.26 
 
 
393 aa  136  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
485 aa  136  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
295 aa  136  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.34 
 
 
304 aa  136  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  32.92 
 
 
325 aa  136  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
490 aa  136  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  30.18 
 
 
819 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
247 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  28.43 
 
 
811 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  32.62 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  30.46 
 
 
579 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
495 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
485 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
307 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.95 
 
 
422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.35 
 
 
818 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
1037 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.72 
 
 
797 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.83 
 
 
328 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
381 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  31.74 
 
 
659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
487 aa  135  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  35.4 
 
 
577 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.29 
 
 
827 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
298 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  30.45 
 
 
459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  35.4 
 
 
571 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.08 
 
 
342 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 
341 aa  134  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
460 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.45 
 
 
1078 aa  134  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  33.48 
 
 
316 aa  134  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  26.13 
 
 
973 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 
778 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.8 
 
 
374 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.48 
 
 
792 aa  133  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.78 
 
 
407 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  31.18 
 
 
823 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.17 
 
 
818 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
490 aa  133  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>