More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5341 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  60.26 
 
 		 913 aa  1073    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  62.34 
 
 		 914 aa  1120    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  64.74 
 
 		 911 aa  1179    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  62.04 
 
 		 930 aa  1134    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  62.07 
 
 		 866 aa  1063    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  60.04 
 
 		 900 aa  1069    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  45.7 
 
 		 856 aa  691    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  60.73 
 
 		 918 aa  1080    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  44.73 
 
 		 845 aa  662    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  76.48 
 
 		 893 aa  1404    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 881 aa  1803    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  44.05 
 
 		 834 aa  660    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  62.15 
 
 		 914 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  77.28 
 
 		 886 aa  1393    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  63.5 
 
 		 895 aa  1128    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  80.95 
 
 		 882 aa  1485    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  44.67 
 
 		 865 aa  682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  89.01 
 
 		 883 aa  1637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  66.89 
 
 		 888 aa  1194    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  41.09 
 
 		 845 aa  615  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  41.64 
 
 		 867 aa  611  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  39.91 
 
 		 837 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.27 
 
 		 954 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.2 
 
 		 940 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  40.6 
 
 		 863 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  38.86 
 
 		 815 aa  591  1e-167  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  42.28 
 
 		 837 aa  592  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.82 
 
 		 901 aa  588  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.4 
 
 		 927 aa  587  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  41.05 
 
 		 843 aa  584  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.98 
 
 		 851 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.79 
 
 		 927 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.38 
 
 		 837 aa  569  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.42 
 
 		 866 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 882 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  39.53 
 
 		 932 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  39.06 
 
 		 840 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 847 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 936 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  74.12 
 
 		 383 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 936 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.51 
 
 		 868 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  39.11 
 
 		 949 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  40.47 
 
 		 848 aa  553  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.88 
 
 		 846 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.91 
 
 		 822 aa  550  1e-155  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 868 aa  552  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.93 
 
 		 853 aa  551  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.68 
 
 		 871 aa  551  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 		 864 aa  551  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.02 
 
 		 825 aa  542  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  38.9 
 
 		 832 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.64 
 
 		 939 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 833 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.38 
 
 		 846 aa  538  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.53 
 
 		 813 aa  538  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  37.53 
 
 		 833 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 847 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  39.07 
 
 		 833 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.34 
 
 		 818 aa  526  1e-148  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.97 
 
 		 902 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.4 
 
 		 817 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.15 
 
 		 825 aa  506  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.19 
 
 		 877 aa  500  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  37.02 
 
 		 872 aa  492  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 896 aa  487  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  43.59 
 
 		 644 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  37.32 
 
 		 871 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.53 
 
 		 847 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.71 
 
 		 861 aa  476  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.76 
 
 		 855 aa  452  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  41.49 
 
 		 656 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  41.29 
 
 		 658 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.59 
 
 		 896 aa  439  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  41.06 
 
 		 684 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.21 
 
 		 683 aa  422  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.34 
 
 		 1001 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  39.77 
 
 		 651 aa  412  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  37.77 
 
 		 651 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.74 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  59.26 
 
 		 299 aa  378  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.75 
 
 		 603 aa  365  2e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.9 
 
 		 534 aa  360  6e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.97 
 
 		 646 aa  327  7e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.98 
 
 		 657 aa  291  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  67.16 
 
 		 213 aa  275  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.54 
 
 		 815 aa  273  1e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.81 
 
 		 789 aa  247  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.81 
 
 		 737 aa  246  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.39 
 
 		 845 aa  234  7.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.56 
 
 		 343 aa  229  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  40.45 
 
 		 343 aa  227  9e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.45 
 
 		 297 aa  224  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.1 
 
 		 292 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  37.77 
 
 		 726 aa  219  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 878 aa  216  9.999999999999999e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.67 
 
 		 1163 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  38.83 
 
 		 980 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  39.16 
 
 		 1157 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 315 aa  213  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>