More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0041 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  50.99 
 
 
763 aa  637  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  58.71 
 
 
712 aa  767  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  71.71 
 
 
757 aa  1027  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  49.25 
 
 
776 aa  658  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  71.12 
 
 
734 aa  1041  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  56.82 
 
 
727 aa  752  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  82.27 
 
 
739 aa  1227  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  61.63 
 
 
728 aa  749  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  87.62 
 
 
720 aa  1269  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  58.05 
 
 
720 aa  750  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  57.72 
 
 
728 aa  765  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  73.06 
 
 
734 aa  1065  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  58.66 
 
 
741 aa  761  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  75.95 
 
 
732 aa  1089  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  49.78 
 
 
779 aa  652  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 
735 aa  1478  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  50.52 
 
 
833 aa  643  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  57.12 
 
 
714 aa  748  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  52.17 
 
 
750 aa  656  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  58.22 
 
 
714 aa  756  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  61.46 
 
 
727 aa  748  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  50.83 
 
 
770 aa  648  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  53.21 
 
 
730 aa  634  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  49.65 
 
 
723 aa  631  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  50.32 
 
 
775 aa  606  1e-172  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.21042e-11 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  50.79 
 
 
651 aa  542  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  47.38 
 
 
654 aa  525  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  49.03 
 
 
669 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  44.74 
 
 
691 aa  473  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  43.33 
 
 
714 aa  469  1e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  40.12 
 
 
768 aa  472  1e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  43.07 
 
 
718 aa  463  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  42.56 
 
 
742 aa  462  1e-128  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  47.96 
 
 
796 aa  461  1e-128  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  44.17 
 
 
760 aa  460  1e-128  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  44.23 
 
 
750 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  41.4 
 
 
757 aa  455  1e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  41.37 
 
 
759 aa  455  1e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  43.66 
 
 
758 aa  454  1e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  44.7 
 
 
769 aa  455  1e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  44.05 
 
 
759 aa  456  1e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  41.27 
 
 
765 aa  446  1e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  42.03 
 
 
724 aa  447  1e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  46.01 
 
 
810 aa  447  1e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  41.27 
 
 
784 aa  446  1e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  41.33 
 
 
744 aa  448  1e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  41.62 
 
 
760 aa  449  1e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  41.67 
 
 
718 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  44.73 
 
 
707 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  41.22 
 
 
764 aa  442  1e-122  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  39.56 
 
 
831 aa  439  1e-122  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  41.67 
 
 
724 aa  441  1e-122  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  42.61 
 
 
743 aa  438  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  43.19 
 
 
658 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  44.85 
 
 
656 aa  438  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  39.56 
 
 
788 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  42.27 
 
 
709 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  40.72 
 
 
776 aa  432  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  40.78 
 
 
712 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  45.1 
 
 
815 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  44.15 
 
 
626 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  44.31 
 
 
830 aa  425  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  42.98 
 
 
763 aa  426  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  44.16 
 
 
830 aa  426  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  41.14 
 
 
735 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  44.86 
 
 
626 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  44.89 
 
 
727 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  44.28 
 
 
733 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  40.65 
 
 
729 aa  417  1e-115  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  40.6 
 
 
755 aa  419  1e-115  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 
788 aa  417  1e-115  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  42.06 
 
 
732 aa  418  1e-115  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  43.59 
 
 
750 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  43.73 
 
 
814 aa  411  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  44.35 
 
 
699 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  38.67 
 
 
648 aa  409  1e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  40.43 
 
 
712 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  42.75 
 
 
728 aa  400  1e-110  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  43.01 
 
 
736 aa  399  1e-110  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  42.91 
 
 
811 aa  400  1e-110  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  39.17 
 
 
776 aa  401  1e-110  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  39.75 
 
 
744 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  40.28 
 
 
712 aa  395  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  42.5 
 
 
824 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  42.31 
 
 
824 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  39.02 
 
 
626 aa  389  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2100  1A family penicillin-binding protein  39.75 
 
 
661 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  38.88 
 
 
648 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  40.1 
 
 
618 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  39.72 
 
 
751 aa  368  1e-100  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  39.54 
 
 
680 aa  366  1e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  38.62 
 
 
654 aa  366  1e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  39.85 
 
 
643 aa  364  4e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  40.85 
 
 
692 aa  360  7e-98  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  39.4 
 
 
625 aa  359  8e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  39.24 
 
 
646 aa  355  1e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  1.46416e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  40.36 
 
 
765 aa  353  8e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  39.96 
 
 
656 aa  353  8e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3888  1A family penicillin-binding protein  37.13 
 
 
683 aa  350  5e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.318045  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  36.68 
 
 
643 aa  350  7e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>