More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2033 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 		 776 aa  1566    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  64.97 
 
 		 831 aa  897    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  67.88 
 
 		 788 aa  886    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  64.91 
 
 		 729 aa  819    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  57.53 
 
 		 744 aa  733    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  60.14 
 
 		 735 aa  810    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  63.19 
 
 		 788 aa  899    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  41.77 
 
 		 833 aa  441  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  41.37 
 
 		 776 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  42.32 
 
 		 728 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  39.43 
 
 		 775 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  39.89 
 
 		 739 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  39.42 
 
 		 779 aa  436  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  41.02 
 
 		 741 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  41.59 
 
 		 714 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.29 
 
 		 727 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.37 
 
 		 727 aa  428  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  38.92 
 
 		 734 aa  425  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  42.5 
 
 		 714 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  38.86 
 
 		 735 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  41.57 
 
 		 734 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  41.07 
 
 		 770 aa  424  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  41.99 
 
 		 720 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  39.28 
 
 		 763 aa  419  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.34 
 
 		 728 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  39.77 
 
 		 730 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  38.91 
 
 		 720 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  39.09 
 
 		 757 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  40.55 
 
 		 732 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  38.65 
 
 		 654 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  40.13 
 
 		 712 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  41.18 
 
 		 651 aa  398  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  41.07 
 
 		 723 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  39.56 
 
 		 759 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  39.94 
 
 		 750 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  37 
 
 		 769 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  41.28 
 
 		 763 aa  386  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  39.86 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  39.86 
 
 		 718 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  38.4 
 
 		 768 aa  381  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  40.37 
 
 		 626 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  39.01 
 
 		 724 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  38.88 
 
 		 757 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  39.69 
 
 		 750 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  39.18 
 
 		 759 aa  379  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  38.95 
 
 		 760 aa  375  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  40.45 
 
 		 658 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  40.48 
 
 		 656 aa  374  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  41.1 
 
 		 669 aa  375  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  38.62 
 
 		 758 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  40.17 
 
 		 691 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  38.02 
 
 		 714 aa  363  9e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  38.56 
 
 		 742 aa  362  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  40.82 
 
 		 796 aa  359  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  40.86 
 
 		 810 aa  355  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  36.49 
 
 		 718 aa  355  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  36.3 
 
 		 760 aa  352  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  35.97 
 
 		 784 aa  352  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  37.66 
 
 		 744 aa  352  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  35.97 
 
 		 765 aa  352  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  38.55 
 
 		 707 aa  348  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  40.1 
 
 		 750 aa  347  3e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  35.9 
 
 		 764 aa  345  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  36.52 
 
 		 732 aa  344  2.9999999999999997e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  36.61 
 
 		 709 aa  339  9.999999999999999e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  35.74 
 
 		 712 aa  338  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  36.93 
 
 		 743 aa  337  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  39.7 
 
 		 830 aa  336  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  39.7 
 
 		 830 aa  334  3e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  39.51 
 
 		 733 aa  331  3e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  35.74 
 
 		 712 aa  328  2.0000000000000001e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  38.67 
 
 		 815 aa  327  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  35.7 
 
 		 712 aa  327  5e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  33.49 
 
 		 776 aa  326  1e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  40.18 
 
 		 626 aa  324  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  37.61 
 
 		 736 aa  323  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  37.09 
 
 		 728 aa  323  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  35.61 
 
 		 648 aa  323  9.999999999999999e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  38.33 
 
 		 814 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  37.94 
 
 		 727 aa  322  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  33.91 
 
 		 658 aa  319  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  33.72 
 
 		 811 aa  315  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  33.44 
 
 		 755 aa  313  7.999999999999999e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04231  putative penicillin binding protein  34.34 
 
 		 602 aa  312  2e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  33.78 
 
 		 626 aa  310  5e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  34.62 
 
 		 680 aa  310  6.999999999999999e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  36.35 
 
 		 699 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  36.64 
 
 		 761 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  35.15 
 
 		 824 aa  308  3e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2100  1A family penicillin-binding protein  36.45 
 
 		 661 aa  306  7e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  34.98 
 
 		 824 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.71 
 
 		 751 aa  304  4.0000000000000003e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  34.9 
 
 		 795 aa  303  6.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5168  1A family penicillin-binding protein  36.08 
 
 		 683 aa  303  9e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5467  penicillin-binding protein  36.25 
 
 		 683 aa  301  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  34.66 
 
 		 654 aa  301  4e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  33.39 
 
 		 806 aa  300  6e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5055  penicillin-binding protein  36.25 
 
 		 683 aa  300  8e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5504  penicillin-binding protein  36.08 
 
 		 683 aa  299  1e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  34.86 
 
 		 618 aa  299  1e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>