More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0887 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  67.31 
 
 
729 aa  905    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  100 
 
 
831 aa  1673    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  61.58 
 
 
744 aa  820    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  68.38 
 
 
735 aa  879    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  68.35 
 
 
776 aa  846    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  90.55 
 
 
788 aa  1315    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  99.86 
 
 
788 aa  1467    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  42.15 
 
 
741 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  42.37 
 
 
728 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.34 
 
 
727 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  40.42 
 
 
779 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.64 
 
 
728 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  40.24 
 
 
776 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.23 
 
 
727 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  41.45 
 
 
734 aa  445  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  39.17 
 
 
833 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  41.65 
 
 
739 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  39.56 
 
 
735 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  41.59 
 
 
720 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  39.94 
 
 
732 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  41.41 
 
 
734 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  42.9 
 
 
714 aa  432  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  40.45 
 
 
720 aa  429  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  41.29 
 
 
757 aa  429  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  39.1 
 
 
775 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  43.78 
 
 
714 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  39.1 
 
 
712 aa  415  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  39.11 
 
 
654 aa  415  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  39.7 
 
 
750 aa  411  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  39.26 
 
 
768 aa  405  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  38.65 
 
 
718 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  38.65 
 
 
724 aa  402  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  39.73 
 
 
724 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  38.27 
 
 
770 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  40.68 
 
 
651 aa  395  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  39.1 
 
 
723 aa  393  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  40.63 
 
 
656 aa  395  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  39.09 
 
 
763 aa  392  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  38.02 
 
 
742 aa  390  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  39.09 
 
 
730 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  40.55 
 
 
691 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  39.32 
 
 
759 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  36.8 
 
 
714 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  38.5 
 
 
769 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  38.63 
 
 
757 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  38.58 
 
 
750 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  38.44 
 
 
760 aa  379  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  37.69 
 
 
759 aa  379  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  38.34 
 
 
758 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  43.63 
 
 
796 aa  371  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  38.75 
 
 
707 aa  372  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  40.5 
 
 
763 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  36.91 
 
 
760 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  36.74 
 
 
784 aa  365  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  37.37 
 
 
718 aa  365  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  36.74 
 
 
765 aa  365  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  37.88 
 
 
744 aa  365  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  39.54 
 
 
830 aa  363  6e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  39.9 
 
 
626 aa  360  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  39.38 
 
 
830 aa  360  6e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 
658 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  40.92 
 
 
810 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  38.29 
 
 
669 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  37.92 
 
 
743 aa  354  5e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  37.84 
 
 
815 aa  350  7e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  36.2 
 
 
764 aa  350  8e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  35.9 
 
 
728 aa  348  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  40.34 
 
 
733 aa  347  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  40.59 
 
 
750 aa  347  5e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  39.02 
 
 
814 aa  347  7e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  35.75 
 
 
736 aa  346  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  35.29 
 
 
732 aa  340  5e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  35.66 
 
 
712 aa  338  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  37.14 
 
 
712 aa  335  2e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  35.73 
 
 
795 aa  335  2e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  34.39 
 
 
776 aa  330  6e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  34.12 
 
 
648 aa  329  1.0000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  39.03 
 
 
761 aa  329  1.0000000000000001e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  39.08 
 
 
626 aa  323  7e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  35.16 
 
 
709 aa  323  8e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  34.74 
 
 
806 aa  319  1e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  34.35 
 
 
712 aa  319  2e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  32.75 
 
 
658 aa  318  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  38.98 
 
 
727 aa  317  4e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  39.22 
 
 
765 aa  317  5e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  35.04 
 
 
755 aa  316  9.999999999999999e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.39 
 
 
751 aa  310  6.999999999999999e-83  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  30.97 
 
 
811 aa  310  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.35 
 
 
618 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  33.11 
 
 
626 aa  307  6e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1710  penicillin-binding protein 1A  35.4 
 
 
905 aa  306  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000352248  normal  0.214747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  34.57 
 
 
824 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  34.42 
 
 
824 aa  305  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1421  penicillin-binding protein, 1A family  35.33 
 
 
801 aa  305  3.0000000000000004e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2389  penicillin-binding protein, 1A family  34.53 
 
 
727 aa  302  2e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.390791  normal  0.221681 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  37.15 
 
 
699 aa  301  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0739  penicillin-binding protein, 1A family  34.17 
 
 
668 aa  300  6e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0235  penicillin-binding protein, 1A family  31.94 
 
 
880 aa  300  9e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04231  putative penicillin binding protein  33 
 
 
602 aa  299  2e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  33.28 
 
 
680 aa  297  5e-79  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>