More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3506 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  54.38 
 
 
707 aa  750    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  58.45 
 
 
744 aa  785    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  54.88 
 
 
718 aa  786    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  51.38 
 
 
718 aa  702    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  52.51 
 
 
724 aa  714    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  54.13 
 
 
736 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  56.9 
 
 
784 aa  752    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  52.9 
 
 
733 aa  707    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  83.5 
 
 
759 aa  1227    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  56.9 
 
 
765 aa  751    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  58.66 
 
 
768 aa  831    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  53.5 
 
 
764 aa  741    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  54.7 
 
 
728 aa  723    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 
769 aa  1578    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  84.92 
 
 
757 aa  1317    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  94.16 
 
 
750 aa  1370    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  80.34 
 
 
760 aa  1224    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  51.53 
 
 
724 aa  704    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  84.81 
 
 
759 aa  1324    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  52.74 
 
 
714 aa  719    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  86.44 
 
 
758 aa  1308    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  57.21 
 
 
760 aa  769    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  55.33 
 
 
742 aa  803    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  58.36 
 
 
743 aa  756    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  46.35 
 
 
691 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  45.59 
 
 
741 aa  478  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  46.09 
 
 
732 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  45.67 
 
 
739 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  44.62 
 
 
734 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  43.23 
 
 
757 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  43.39 
 
 
720 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  42.79 
 
 
728 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  43.53 
 
 
712 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  44.7 
 
 
735 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  42.08 
 
 
727 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  42.59 
 
 
776 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  44.22 
 
 
734 aa  452  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.08 
 
 
727 aa  452  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  42.98 
 
 
770 aa  452  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  43.21 
 
 
775 aa  450  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  43.65 
 
 
714 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  41.42 
 
 
728 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  42.62 
 
 
714 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  40.68 
 
 
779 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  42.78 
 
 
720 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  43.79 
 
 
763 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  43.97 
 
 
730 aa  440  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  40.17 
 
 
833 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  43.45 
 
 
723 aa  433  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  43.06 
 
 
651 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  39.53 
 
 
750 aa  421  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  42.65 
 
 
796 aa  422  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  44.18 
 
 
669 aa  421  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  42.03 
 
 
656 aa  413  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  42.65 
 
 
810 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  40.75 
 
 
654 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  38.28 
 
 
788 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  41.45 
 
 
712 aa  385  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  40.19 
 
 
712 aa  386  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  40.92 
 
 
626 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  41.7 
 
 
763 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  41.71 
 
 
658 aa  382  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  38.78 
 
 
788 aa  382  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  38.5 
 
 
831 aa  379  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  40.87 
 
 
750 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  39.69 
 
 
735 aa  376  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  38.54 
 
 
712 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  39.6 
 
 
654 aa  369  1e-100  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  37.6 
 
 
732 aa  366  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  39.78 
 
 
727 aa  365  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  39.16 
 
 
751 aa  363  8e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  38.66 
 
 
729 aa  362  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  40.22 
 
 
830 aa  362  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  37 
 
 
776 aa  361  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  40.22 
 
 
830 aa  360  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  33.64 
 
 
648 aa  360  5e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  37.98 
 
 
709 aa  360  6e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  41.67 
 
 
626 aa  359  9.999999999999999e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  37.43 
 
 
776 aa  359  9.999999999999999e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  39.42 
 
 
815 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  41.01 
 
 
814 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  37.77 
 
 
744 aa  354  4e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  38.09 
 
 
618 aa  347  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  37.76 
 
 
811 aa  345  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  37.91 
 
 
643 aa  341  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  37.72 
 
 
640 aa  340  8e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  36.51 
 
 
755 aa  338  1.9999999999999998e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  39.71 
 
 
699 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  35.35 
 
 
680 aa  338  2.9999999999999997e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  35.75 
 
 
824 aa  337  7e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  35.59 
 
 
824 aa  335  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  36.2 
 
 
626 aa  335  2e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  37.95 
 
 
643 aa  333  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  37.95 
 
 
643 aa  333  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  33.83 
 
 
658 aa  330  7e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  37.72 
 
 
640 aa  329  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  36.17 
 
 
692 aa  329  1.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  37.1 
 
 
646 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  37.5 
 
 
625 aa  321  3.9999999999999996e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1710  penicillin-binding protein 1A  35.52 
 
 
905 aa  320  6e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000352248  normal  0.214747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>